Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001766

染色体: Chr08 坐标: 14875601-14878512 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001766
名称SmilChr08G001766
描述uncharacterized SmilChr08G001766
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向14875601 - 14878512 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001308
GeneID131001308
locus_tag-
NCBI NameLOC131001308
原始查询SmilChr08G001766

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os07g0657600; species=rice; confidence=high
产物hit=Os07g0657600; species=rice; confidence=high
Arabidopsis-
-
RiceOs07g0657600
-
identity=47.6; qcov=1.01; evalue=3.06e-131; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0006281 (DNA repair); GO:0006285 (base-excision repair, AP site formation); GO:0034039 (8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001308

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057783649.1
2 Nucleolus 核仁 0.20000 XP_057783649.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783649.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783649.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057783649.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:14875841 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr8:14875847 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,C41
Chr8:14876024 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr8:14876259 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr8:14876269 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr8:14876286 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B138
Chr8:14876384 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 D6
Chr8:14876384 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 D6
Chr8:14876480 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr8:14876578 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr8:14876611 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C16,C40
Chr8:14876631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927666.1
TTCGTGATCATTTATCTATTTTACAAATCTCACTAAAACTTGTGTGGATGGAGGAGTATTATCATATGCATCTATAGGTTTCCCGAGTTACCGCCGTAAAATGAAGCGGGAAGATGAGACCGCCACTGCCCAGGGAGGCGTGCTGGTGGAGCTTCAGCTCGGTGACGCAGCGTCGAATTTTAACCTAGAAAGAGCGGTCTGCAGCCATGGCCTATTCATGATGGCGCCCAACCACTGGGACCCTCATTCCCAAACCCTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001308
ATGAAGCGGGAAGATGAGACCGCCACTGCCCAGGGAGGCGTGCTGGTGGAGCTTCAGCTCGGTGACGCAGCGTCGAATTTTAACCTAGAAAGAGCGGTCTGCAGCCATGGCCTATTCATGATGGCGCCCAACCACTGGGACCCTCATTCCCAAACCCTCAGACGTCCACTCCGCCTTAACCTCGACGATGACGACGATACCTCATTCACTGTTCACGTCTTTCACTCTCCTCACTCGCCCCACGCGCTTAATCTCCGCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783649.1
MKREDETATAQGGVLVELQLGDAASNFNLERAVCSHGLFMMAPNHWDPHSQTLRRPLRLNLDDDDDTSFTVHVFHSPHSPHALNLRVFGTNTLTLQQEQSLLSQVRRMLRLSEEENRRVIEFHNMHEQAKGRGFGRVFRSPTLFEDMVKCILLCNCQWSRTLSMAQALCDLQAELHHQLPRASNIMAEIKHFAPGTPSGKESKRKPRKCLQKLTKKYAKVLGDEESEMKISTAVTSESYEKTKHISPTFMPEEAGNDFLG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器