Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001771`

染色体: Chr08 坐标: 14917624-14936642 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001771`
名称	SmilChr08G001771
描述	protein NO VEIN
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	14917624 - 14936642 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001314`
GeneID	`131001314`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001314`
原始查询	`SmilChr08G001771`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein NO VEIN
产物	protein NO VEIN
Arabidopsis	`AT4G13750` (NOV) Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827009] identity=43.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=medium
Rice	`Os03g0803700` - identity=41.4; qcov=0.151; evalue=7.8e-95; confidence=weak
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0009793 (embryo development ending in seed dormancy); GO:0010305 (leaf vascular tissue pattern formation); GO:0048364 (root development)
KEGG	-
Pfam	PF13020 (NOV_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001314

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057783658.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783658.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057783658.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057783658.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057783658.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:14917981`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,B26,B44,B90
`Chr8:14918748`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B91
`Chr8:14918748`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B91
`Chr8:14918919`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:14920207`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr8:14920389`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr8:14920485`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B72,C37
`Chr8:14920490`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr8:14920497`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr8:14921604`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A9,B100,B53,C14,C82
`Chr8:14921873`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr8:14921961`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783658.1

2736 aa

1368

2736

NOV_C

PF13020 NOV_C 2622-2709 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783658.1`	Pfam	`PF13020`	NOV_C	Domain	2622	2709	7.1e-19	68.4	Protein NO VEIN, C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927675.1
TTATTGTGCTCCCGCCTCCCTGCAACTGATACTGCGTCTCTCTTCCATCTCCAATGCACGGACGAAGACAGCCTTTCCGCCCTGGCGGCGGCAGCGGCCGTCGGCCATCACAACCTCCGCAGCCGCGGCAACAGCAACGGCAACAGCAACAGCAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCAACTTCACCTGAACCCTAATTTCTTTCCAAACCCCAATCTCTTCATCCTCCAGCAAAACCCCAGTTTGTTGGCTCAATTTAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001314
ATGCACGGACGAAGACAGCCTTTCCGCCCTGGCGGCGGCAGCGGCCGTCGGCCATCACAACCTCCGCAGCCGCGGCAACAGCAACGGCAACAGCAACAGCAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCAACTTCACCTGAACCCTAATTTCTTTCCAAACCCCAATCTCTTCATCCTCCAGCAAAACCCCAGTTTGTTGGCTCAATTTAATCCCTTTCTCCAAAACCCTAACAGCTTCCCCGAGGTCCAACAACAGTTTCCGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783658.1
MHGRRQPFRPGGGSGRRPSQPPQPRQQQRQQQQQQQQQQQQQLHLNPNFFPNPNLFILQQNPSLLAQFNPFLQNPNSFPEVQQQFPNMNIQLNPEHNSFQAPRQNEYNNNNFPQQPVKVQNEMAEKVDKAARSAWKDLLKSKKNVSAWKVSQAALLAVKVDSWESLGFQMQQVPSLKSILVTEGKINAFIHCFVAARKITSLYDLELAVCESEGVKKFEELELGPLVQHPLAVHYFSLTSNVTEVYRIRTEEIISYLCEF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器