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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001778

染色体: Chr08 坐标: 15000520-15002812 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001778
名称SmilChr08G001778
描述glycine-rich RNA-binding protein 4, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向15000520 - 15002812 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001322
GeneID131001322
locus_tag-
NCBI NameLOC131001322
原始查询SmilChr08G001778

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycine-rich RNA-binding protein 4, mitochondrial
产物glycine-rich RNA-binding protein 4%2C mitochondrial
ArabidopsisAT4G13850 (GR-RBP2)
glycine-rich RNA-binding protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827019]
identity=60.8; qcov=0.741; evalue=5.35e-44; confidence=medium
RiceOs01g0916600 (OsGRP1)
-
identity=59.3; qcov=0.728; evalue=2.08e-43; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding)
KEGG-
PfamPF00076 (RRM_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001322

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057783667.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783667.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783667.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783667.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057783667.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:15001542 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,C41
Chr8:15001543 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr8:15002480 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B52,C14
Chr8:15002503 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr8:15002535 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B132,B137,C4,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783667.1
162 aa
N
1
81
162
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 38-108 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783667.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 38 108 3.8e-23 81.9 RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927684.1
GTGAAATGAAAACTGAATATCGACAGAGGCTCGTGAAGTCGCGAGTCCGGGAACTGGTTGATGCCAAATTCCAAACGTAGCCTCCTTAAGAGCAACAAATGTATGCCTAAAAAAGCGGAGCCCAGCTCAGCCCTAACCGCAGGAAAAGTAACTGTAGTGGAGATATTTTCGGAGTTTCACCTGCAATCTGTTAAATATATGTGCCACACTAGCAGCATAAAACCCCCTCTGCGAACAAATTTCTTTTCTTCCTAAAACCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001322
ATGGCTTGCTTCAACAAAGTTGGAACCATGTTAAGGCAGAGCATATCTGCCTCTAGTGCAATGACTGGGCAATCCTCGCTGTTAAATGCTATCCGCTGCATGTCCACTAAGCTTTACATTGGAGGGCTTTCTTATGGAACTGATGACCAGTCTCTCAAAGATGCTTTTTCTAGCTTTGGCGAAGTTGACTTTGCAAGAGTTGTCACCGACAGAGAATCTGGAAGATCGAGAGGATTTGGTTTTGTGAATTTCACTAGTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783667.1
MACFNKVGTMLRQSISASSAMTGQSSLLNAIRCMSTKLYIGGLSYGTDDQSLKDAFSSFGEVDFARVVTDRESGRSRGFGFVNFTSEEAANSAMSAMDGQELNGRNIRVSQAQERPPRNNYGGGGGGGYGGGGGGYGGNSYGSGGGGGYGGGGGYGNRNDSY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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