当前解析结果
SmilChr08G001785| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001785 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001785 |
| 描述 | protein RALF-like 32 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 15042270 - 15042900 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001328 |
|---|---|
| GeneID | 131001328 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001328 |
| 原始查询 | SmilChr08G001785 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein RALF-like 32 |
| 产物 | protein RALF-like 32 |
| Arabidopsis | AT4G14010 (RALFL32)ralf-like 32 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827037] identity=43.8; qcov=0.957; evalue=4.51e-22; confidence=medium |
| Rice | Os12g0541700 (OsRALF-37)- identity=34; qcov=0.803; evalue=1.23e-06; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05498 (RALF) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001328 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057783674.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057783674.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057783674.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057783674.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057783674.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:15042478 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B90,B92 |
Chr8:15042502 |
G |
GCC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B29 |
Chr8:15042502 |
G |
GCC |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | B29 |
Chr8:15042528 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B72 |
Chr8:15042528 |
CG |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B72 |
Chr8:15042544 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A8,B139,B68 |
Chr8:15042570 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B90,B92 |
Chr8:15042581 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B138,B47,B55 |
Chr8:15042628 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B100,B24,B99,C87 |
Chr8:15042718 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C64,C66,C8,D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783674.1PF05498
RALF 50-114 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783674.1 |
Pfam | PF05498 |
RALF | Family | 50 | 114 | 2.8e-24 | 86.7 | Rapid ALkalinization Factor (RALF) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。