Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001787

染色体: Chr08 坐标: 15059742-15062466 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001787
名称SmilChr08G001787
描述uncharacterized SmilChr08G001787
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向15059742 - 15062466 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001330
GeneID131001330
locus_tag-
NCBI NameLOC131001330
原始查询SmilChr08G001787

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824367]; symbol=AT3G52040; hit=AT3G52040; species=arabidopsis; confidence=medium
产物2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824367]; symbol=AT3G52040; hit=AT3G52040; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G52040 (AT3G52040)
2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824367]
identity=63.6; qcov=0.885; evalue=2.14e-31; confidence=medium
RiceOs01g0271700
-
identity=64.6; qcov=0.552; evalue=2.74e-16; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF09495 (DUF2462)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001330

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057783676.1
2 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057783678.1
3 Nucleolus 核仁 0.80000 XP_057783678.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783676.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783676.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:15060465 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B24,B99,C87
Chr8:15060486 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B13,B46,C59,D10,D11
Chr8:15060530 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B138,D11
Chr8:15061366 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 28 A1,A14,A19,A24,B105,B134,B15,B2,B21,B36,B4,B55,B59,B71,B74,B81,B98,C23,C28,C36,C38,C43,C45,C5,C55,C80,D10,D5
Chr8:15061407 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B68
Chr8:15061429 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 13 A16,A2,B100,B104,B24,B34,B41,B47,B99,C53,C86,C87,D4
Chr8:15061639 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C12,C60
Chr8:15061640 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr8:15061672 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C12,C60
Chr8:15061771 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 2 A8,B68
Chr8:15061771 C CT 1bp_insertion CDS_variant 2 A8,B68
Chr8:15061782 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C12,C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783678.1
87 aa
N
1
44
87
DUF2462
C
PF09495 DUF2462 1-77 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783678.1 Pfam PF09495 DUF2462 Family 1 77 2.7e-08 35.1 Protein of unknown function (DUF2462)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927695.1
ATATTTGGAAGAACATAGAAGAGAGGAAGGTGAAGGTGTATCTCTTTAAAGTAGCTTATTAAATTTTGTTATTGCTCATATTCTTCGTTTAATAGTTCAATTTGCAAGACAATGTGAACTTTAATTGGAATCCTACAAGATCGAATTTACAGAAGCAAATTTTATAAAAGTTATCTTTGTTGGTGAAGTTTTGTTCAAGTACCTATTGAGATGCAAGATAATGATCATTTATGTTAATCTATGTCACTATGAGAGTAATA...
XM_057927694.1
CTGGGAATATTTGGAAGAACATAGAAGAGAGGAAGAAACCCTAGAGCTGTAATCTCTAAAACTCTAGAATTCGAAATTCATATCCGCAGAAGAAAGAGAGGGGGAGGGGAAAATGACGCAGAAGGGAAATCTCTTCAAAGGGCAGAAGAAAAACAAATCAATTCCTCTCAATCGGCATGGCAAAATCACCCATACGCGAAAGGGGAAGAAAGTGGCGAAGCCATCAAAGGTCACCAAAGAGATGGATGCCGATAGGGTCA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131001330
ATGACGCAGAAGGGAAATCTCTTCAAAGGGCAGAAGAAAAACAAATCAATTCCTCTCAATCGGCATGGCAAAATCACCCATACGCGAAAGGGGAAGAAAGTGGCGAAGCCATCAAAGGTCACCAAAGAGATGGATGCCGATAGGGAGGTGAGCAAGTTTATAAACCACTGCAATGAGATGAAAGTTGTGACAGTTGCTAATAAAGATGGTGGGCATTTGAGTATTGTTAAACTGCTGGCAGATTCCTCAAGTGGCGCAAA...
LOC131001330
ATGACGCAGAAGGGAAATCTCTTCAAAGGGCAGAAGAAAAACAAATCAATTCCTCTCAATCGGCATGGCAAAATCACCCATACGCGAAAGGGGAAGAAAGTGGCGAAGCCATCAAAGGTCACCAAAGAGATGGATGCCGATAGGGTCATGAATTCTAAAATTTCTGTAGCTTTCAAAAATGTTATGATCCGGGTGCATTGGGTTTATAACACCTTGAGCATCCTCCTGAATAGTCGGCTTTTGGGGATGAGTTCTACTCG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057783676.1
MTQKGNLFKGQKKNKSIPLNRHGKITHTRKGKKVAKPSKVTKEMDADRVMNSKISVAFKNVMIRVHWVYNTLSILLNSRLLGMSSTRGVITKTFNFCIPLRLDLVGLSTEIDSRVQVLPQ
XP_057783677.1
MTQKGNLFKGQKKNKSIPLNRHGKITHTRKGKKVAKPSKVTKEMDADRVMNSKISVAFKNVMIRVHWVYNTLSILLNSRLLGMSSTRGVITKTFNFCIPLRLDLVGLSTEIDSRVQVLPQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器