当前解析结果
SmilChr08G001808| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001808 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001808 |
| 描述 | auxin-induced protein PCNT115-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 15268529 - 15271332 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001356 |
|---|---|
| GeneID | 131001356 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001356 |
| 原始查询 | SmilChr08G001808 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | auxin-induced protein PCNT115-like |
| 产物 | auxin-induced protein PCNT115-like |
| Arabidopsis | AT1G60710 (ATB2)NAD(P)-linked oxidoreductase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842365] identity=74.3; qcov=0.934; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0338000- identity=72.2; qcov=0.942; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004033 (GO:0004033); GO:0005737 (cytoplasm) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00248 (Aldo_ket_red) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001356 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057783709.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057783709.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057783709.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057783709.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057783709.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:15268856 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C37 |
Chr8:15268856 |
CA |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C37 |
Chr8:15268964 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B25 |
Chr8:15269654 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B12,B66,B8,C14 |
Chr8:15270253 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A2,B40 |
Chr8:15270805 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B12,B13,B139,B66,C14 |
Chr8:15270875 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B68,C22,C55 |
Chr8:15270934 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A2,B40 |
Chr8:15270957 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B66,B8 |
Chr8:15270965 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B72 |
Chr8:15270967 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B82,C48 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783709.1PF00248
Aldo_ket_red 44-333 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783709.1 |
Pfam | PF00248 |
Aldo_ket_red | Domain | 44 | 333 | 3.8e-74 | 250.1 | Aldo/keto reductase family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。