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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001809

染色体: Chr08 坐标: 15278118-15281149 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001809
名称SmilChr08G001809
描述auxin-induced protein PCNT115-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向15278118 - 15281149 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001360
GeneID131001360
locus_tag-
NCBI NameLOC131001360
原始查询SmilChr08G001809

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述auxin-induced protein PCNT115-like
产物auxin-induced protein PCNT115-like
ArabidopsisAT1G60710 (ATB2)
NAD(P)-linked oxidoreductase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842365]
identity=62.8; qcov=1.09; evalue=3.84e-147; confidence=high
RiceOs04g0338000
-
identity=61; qcov=1.1; evalue=1.81e-146; confidence=high
GOGO:0004033 (GO:0004033); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG-
PfamPF00248 (Aldo_ket_red)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001360

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057783713.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057783714.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783713.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783713.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783713.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:15278444 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr8:15278454 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr8:15278455 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr8:15278496 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:15278534 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,C14
Chr8:15278550 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:15278562 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr8:15278682 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C77
Chr8:15278765 GTC G 2bp_deletion frameshift_variant 31 A1,A11,A14,A19,A24,A25,A3,B122,B14,B15,B2,B21,B36,B55,B58,B59,B6,B7,B81,B98,C12,C23,C27,C28,C31,C43,C45,C5,C73,D10,D5
Chr8:15278815 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr8:15280270 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B66,B77,B8,C14
Chr8:15280301 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B8,B9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783713.1
339 aa
N
1
170
339
Aldo_ket_red
C
PF00248 Aldo_ket_red 19-310 aa
XP_057783714.1
311 aa
N
1
156
311
Aldo_ket_red
Aldo_ket_red
C
PF00248 Aldo_ket_red 19-109 aa PF00248 Aldo_ket_red 110-282 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783713.1 Pfam PF00248 Aldo_ket_red Domain 19 310 1.1e-73 248.6 Aldo/keto reductase family
XP_057783714.1 Pfam PF00248 Aldo_ket_red Domain 19 109 5.9e-56 190.4 Aldo/keto reductase family
XP_057783714.1 Pfam PF00248 Aldo_ket_red Domain 110 282 5.9e-56 190.4 Aldo/keto reductase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927730.1
GATTTGTGATTTGAGATAATCATCAACAGAGCTCCATGCATCAATGGCGTCACGGCTTCCGTAATGGGTGTATCTCTCTTGAGATATATTCATCAACAAAGCTGTATAGATATATATGAGCCGCCATTACGGCAGCAGTGACGCACGCGAGCTATCATGCATGCACCTTCACTTTAAAATTCACACCATCAACTCACACAATTCCTGAATCTCATCACTCAAATCCAAATTAAATTAAGCGAAAATGGGTGTGAATGTGC...
XM_057927731.1
TTCACTTTAAAATTCACACCATCAACTCACACAATTCCTGAATCTCATCACTCAAATCCAAATTAAATTAAGCGAAAATGGGTGTGAATGTGCCGAGAGTGAAGCTAGGGTCGCAGGGCCTGGAGGTGTCCAAGCTAGGCCTGGGTTGCATGAGCATGTCGGCTTACTACGGGCCGCCGAAGCCCGAGGCCGACATGATCCAACTCATCCACCACTCCATCGACTCCGGCGTCACCTTTCTCGACACCTCCGACTTCTAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131001360
ATGGGTGTGAATGTGCCGAGAGTGAAGCTAGGGTCGCAGGGCCTGGAGGTGTCCAAGCTAGGCCTGGGTTGCATGAGCATGTCGGCTTACTACGGGCCGCCGAAGCCCGAGGCCGACATGATCCAACTCATCCACCACTCCATCGACTCCGGCGTCACCTTTCTCGACACCTCCGACTTCTACGGGGACAACGAGATCCTCATCGGAAAGGCTTTGAAAGGGGGAGTGCGGGAGAAGGTGCAAATTGCTACCAAGTTCGG...
LOC131001360
ATGGGTGTGAATGTGCCGAGAGTGAAGCTAGGGTCGCAGGGCCTGGAGGTGTCCAAGCTAGGCCTGGGTTGCATGAGCATGTCGGCTTACTACGGGCCGCCGAAGCCCGAGGCCGACATGATCCAACTCATCCACCACTCCATCGACTCCGGCGTCACCTTTCTCGACACCTCCGACTTCTACGGGGACAACGAGATCCTCATCGGAAAGGCTTTGAAAGGGGGAGTGCGGGAGAAGGTGCAAATTGCTACCAAGTTCGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057783713.1
MGVNVPRVKLGSQGLEVSKLGLGCMSMSAYYGPPKPEADMIQLIHHSIDSGVTFLDTSDFYGDNEILIGKALKGGVREKVQIATKFGIVSREGEMIVNGEAEYVRAACEASLKRLDIHCIDLYYVHRIDTRVPIEVTMGELKKLVEEGKIKYVGLSEASASTIRRAHAVLPISAVQIEWSLWSRDVEQEIIPTCRELGIGIVAYSPLGHGLLSAGPKALENAAEGDVRKTYFPRFKDENLEANKSVYEEMSEMGTRRGCS...
XP_057783714.1
MGVNVPRVKLGSQGLEVSKLGLGCMSMSAYYGPPKPEADMIQLIHHSIDSGVTFLDTSDFYGDNEILIGKALKGGVREKVQIATKFGIVSREGEMIVNGEAEYVRAACEMGELKKLVEEGKIKYVGLSEASASTIRRAHAVLPISAVQIEWSLWSRDVEQEIIPTCRELGIGIVAYSPLGHGLLSAGPKALENAAEGDVRKTYFPRFKDENLEANKSVYEEMSEMGTRRGCSTAQLALAWLMQQGDDVCPIPGTTKIKNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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