当前解析结果
SmilChr08G001811| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001811 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001811 |
| 描述 | auxin-induced protein PCNT115-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 15283550 - 15286315 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001357 |
|---|---|
| GeneID | 131001357 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001357 |
| 原始查询 | SmilChr08G001811 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | auxin-induced protein PCNT115-like |
| 产物 | auxin-induced protein PCNT115-like |
| Arabidopsis | AT1G60710 (ATB2)NAD(P)-linked oxidoreductase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842365] identity=73.5; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0338000- identity=71; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004033 (GO:0004033); GO:0005737 (cytoplasm) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00248 (Aldo_ket_red) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001357 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057783710.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057783710.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057783710.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057783710.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057783710.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:15283602 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B94,C84 |
Chr8:15283603 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B40 |
Chr8:15283634 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B52 |
Chr8:15283635 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A2,B40 |
Chr8:15283637 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B105,B115,B118 |
Chr8:15283637 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B105,B115,B118 |
Chr8:15283667 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr8:15283705 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B12,B66,B8 |
Chr8:15283712 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr8:15284360 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 17 | A2,A4,B111,B134,B23,B34,B51,B81,B87,C35,C44,C51,C53,C73,C79,C9,D6 |
Chr8:15284466 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B90,B92 |
Chr8:15285242 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 28 | A23,A7,A9,B10,B101,B110,B120,B129,B132,B16,B17,B25,B37,B46,B63,B65,B72,B73,B77,B82,C19,C20,C37,C41,C64,C66,C8,D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783710.1PF00248
Aldo_ket_red 24-311 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783710.1 |
Pfam | PF00248 |
Aldo_ket_red | Domain | 24 | 311 | 3.2e-69 | 233.9 | Aldo/keto reductase family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。