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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001815

染色体: Chr08 坐标: 15300320-15316132 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001815
名称SmilChr08G001815
描述DNA topoisomerase 3-beta
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向15300320 - 15316132 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001345
GeneID131001345
locus_tag-
NCBI NameLOC131001345
原始查询SmilChr08G001815

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNA topoisomerase 3-beta
产物DNA topoisomerase 3-beta
ArabidopsisAT2G32000 (AT2G32000)
DNA topoisomerase, type IA, core [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817760]
identity=74.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0500600 (TOP3)
-
identity=70.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003917 (DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006265 (DNA topological change)
KEGGsmil03440 (Homologous recombination - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03460 (Fanconi anemia pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01131 (Topoisom_bac); PF01751 (Toprim); PF23546 (Zn_ribbon_TOP3B)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001345

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057783694.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057783694.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057783694.1
4 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057783695.1
5 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057783694.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:15300600 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr8:15300605 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C39
Chr8:15300605 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr8:15308793 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr8:15310482 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr8:15312014 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:15313370 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr8:15313450 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 1 B46
Chr8:15313450 C CG 1bp_insertion CDS_variant 1 B46
Chr8:15315389 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:15315893 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783694.1
857 aa
N
1
428
857
Toprim
Topoisom_bac
Zn_ribbon_TOP3B
C
PF01751 Toprim 5-147 aa PF01131 Topoisom_bac 163-573 aa PF23546 Zn_ribbon_TOP3B 607-645 aa
XP_057783695.1
831 aa
N
1
416
831
Toprim
Topoisom_bac
Zn_ribbon_TOP3B
C
PF01751 Toprim 24-121 aa PF01131 Topoisom_bac 137-547 aa PF23546 Zn_ribbon_TOP3B 581-619 aa
XP_057783696.1
798 aa
N
1
399
798
Toprim
Topoisom_bac
Zn_ribbon_TOP3B
C
PF01751 Toprim 28-88 aa PF01131 Topoisom_bac 104-514 aa PF23546 Zn_ribbon_TOP3B 548-586 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783694.1 Pfam PF01751 Toprim Family 5 147 8.8e-13 49.0 Toprim domain
XP_057783694.1 Pfam PF01131 Topoisom_bac Family 163 573 1.7e-105 354.1 DNA topoisomerase
XP_057783694.1 Pfam PF23546 Zn_ribbon_TOP3B Domain 607 645 4.2e-18 65.4 DNA topoisomerase 3-beta zinc ribbon domain
XP_057783695.1 Pfam PF01751 Toprim Family 24 121 2.1e-09 38.1 Toprim domain
XP_057783695.1 Pfam PF01131 Topoisom_bac Family 137 547 1.6e-105 354.2 DNA topoisomerase
XP_057783695.1 Pfam PF23546 Zn_ribbon_TOP3B Domain 581 619 4.1e-18 65.5 DNA topoisomerase 3-beta zinc ribbon domain
XP_057783696.1 Pfam PF01751 Toprim Family 28 88 1.2e-06 29.3 Toprim domain
XP_057783696.1 Pfam PF01131 Topoisom_bac Family 104 514 1.4e-105 354.4 DNA topoisomerase
XP_057783696.1 Pfam PF23546 Zn_ribbon_TOP3B Domain 548 586 3.9e-18 65.5 DNA topoisomerase 3-beta zinc ribbon domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927711.1
ACCCGAACCCGAACCCAACCCTTATACGAAGTTCCTTACAAATTACACACTAAAGCAAAATCTGCAAAATCACTGGTAGAAACCAAAAATGGCTCCCGAAGTTCTAATGGTAGCGGAGAAGCCGAGCATTGCTCTTTCAATTGCTACAGTTCTTTCCGGTGGTCGAATGTCAACAAGAAGGGGTAGCACTGAGGTCCATGAGTTTGACGGGATGTTTCTGGGATTTCCCGTGCTTTATAGAGTAACATCAGTGATTGGTC...
XM_057927712.1
CGGAGAAGCCGAGCATTGCTCTTTCAATTGCTACAGTTCTTTCCGGTGGTCGAGTTTATCAAATTGCAGATGTCAACAAGAAGGGGTAGCACTGAGGTCCATGAGTTTGACGGGATGTTTCTGGGATTTCCCGTGCTTTATAGAGTAACATCAGTGATTGGTCATGTTTTCAGTGTAGATTTTCCGGGTCGTTATCAAGACTGGAATGCTACTAATCCTTTGGATCTCTTCGATGCACCAACTGTCAAAACAGAATCCAC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131001345
ATGGCTCCCGAAGTTCTAATGGTAGCGGAGAAGCCGAGCATTGCTCTTTCAATTGCTACAGTTCTTTCCGGTGGTCGAATGTCAACAAGAAGGGGTAGCACTGAGGTCCATGAGTTTGACGGGATGTTTCTGGGATTTCCCGTGCTTTATAGAGTAACATCAGTGATTGGTCATGTTTTCAGTGTAGATTTTCCGGGTCGTTATCAAGACTGGAATGCTACTAATCCTTTGGATCTCTTCGATGCACCAACTGTCAAAAC...
LOC131001345
ATGTCAACAAGAAGGGGTAGCACTGAGGTCCATGAGTTTGACGGGATGTTTCTGGGATTTCCCGTGCTTTATAGAGTAACATCAGTGATTGGTCATGTTTTCAGTGTAGATTTTCCGGGTCGTTATCAAGACTGGAATGCTACTAATCCTTTGGATCTCTTCGATGCACCAACTGTCAAAACAGAATCCACGCCGAAGGCTCATATTGTTAGGCATTTGAACCAAGAAGCTCGTGGTTGCGGGCACTTGGTATTGTGGCT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057783694.1
MAPEVLMVAEKPSIALSIATVLSGGRMSTRRGSTEVHEFDGMFLGFPVLYRVTSVIGHVFSVDFPGRYQDWNATNPLDLFDAPTVKTESTPKAHIVRHLNQEARGCGHLVLWLDCDREGENICFEVIESTGFQSKDGKKVYRARFSSVTEKDILKAMSNLVEPNKNEALAVDARQEIDLKVGVAFTRFQTSYFNGKYGNLDSRVISYGPCQTPTLGFCVQRHLDISTFKPEKFWALHPYILHQGYELKLQWERHRIFDSD...
XP_057783695.1
MSTRRGSTEVHEFDGMFLGFPVLYRVTSVIGHVFSVDFPGRYQDWNATNPLDLFDAPTVKTESTPKAHIVRHLNQEARGCGHLVLWLDCDREGENICFEVIESTGFQSKDGKKVYRARFSSVTEKDILKAMSNLVEPNKNEALAVDARQEIDLKVGVAFTRFQTSYFNGKYGNLDSRVISYGPCQTPTLGFCVQRHLDISTFKPEKFWALHPYILHQGYELKLQWERHRIFDSDSALMFQNIVKEDGMLKVVRISEKQEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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