Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001821`

染色体: Chr08 坐标: 15539835-15543972 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001821`
名称	SmilChr08G001821
描述	uncharacterized SmilChr08G001821
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	15539835 - 15543972 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998119`
GeneID	`130998119`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998119`
原始查询	`SmilChr08G001821`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G24255` (AT3G24255) RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013] identity=26.5; qcov=0.337; evalue=2.32e-41; confidence=low
Rice	`Os06g0484800` - identity=28; qcov=0.661; evalue=1.02e-86; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998119

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057779536.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057779536.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057779536.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779536.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779536.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:15539853`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B4,B52,C74,C80,C83
`Chr8:15539857`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr8:15539862`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B101,B11,C5
`Chr8:15539912`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B38
`Chr8:15539915`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C2
`Chr8:15539915`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C2
`Chr8:15539919`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B38,C2
`Chr8:15539973`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr8:15540013`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B68,B75,C74,C80
`Chr8:15540036`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:15540048`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B13,B52,C22,C44
`Chr8:15540054`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C22,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779536.1

1287 aa

644

1287

RVT_1

zf-RVT

RVT_3

PF00078 RVT_1 446-706 aa PF13966 zf-RVT 961-1043 aa PF13456 RVT_3 1135-1255 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779536.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	446	706	1.9e-29	103.7	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057779536.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	961	1043	1.9e-19	70.8	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057779536.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	1135	1255	8.2e-18	65.2	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923553.1
ATGAATATCCTGGTTTGGAACGTCCGTGGCCTGACGGACGAATCCAAAGATCTTCTTAAGGAACATTGTCGTTCCTTCTCGCCTTTGATCTTGGGTTTGATCGAGCCTAAGAAAAAGTTTCATAAAGTTAGACAGAGTTTCTGGAGGTCTTTAAATCTGGTCCCTCGTCACCAGAATTGTAGGCAGCCTCGCTGCTCCAATATTTGGTTGTTGGCTCATCCTTCGGTGAGTTCTCAGATTATTCACTCTTCGGCTCAGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998119
ATGAATATCCTGGTTTGGAACGTCCGTGGCCTGACGGACGAATCCAAAGATCTTCTTAAGGAACATTGTCGTTCCTTCTCGCCTTTGATCTTGGGTTTGATCGAGCCTAAGAAAAAGTTTCATAAAGTTAGACAGAGTTTCTGGAGGTCTTTAAATCTGGTCCCTCGTCACCAGAATTGTAGGCAGCCTCGCTGCTCCAATATTTGGTTGTTGGCTCATCCTTCGGTGAGTTCTCAGATTATTCACTCTTCGGCTCAGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779536.1
MNILVWNVRGLTDESKDLLKEHCRSFSPLILGLIEPKKKFHKVRQSFWRSLNLVPRHQNCRQPRCSNIWLLAHPSVSSQIIHSSAQTVIANCTWHSKSFRIAVVHGANDSLARRSLWIELLTFVDGNTVFIGDFNAVKGAHERRSSVSPSRSSCRDFCDFIEATEFIESPTSVLLIFGRVLILMFFRVSPLIILPLVLQCKAGLDNGRRAFKFLNMWVSHPNFQDMVDSSWTGLVDTNCPIYKIMHKLKRLRGDLRVWNK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器