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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001866

染色体: Chr08 坐标: 16025190-16025735 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001866
名称SmilChr08G001866
描述uncharacterized SmilChr08G001866
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向16025190 - 16025735 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998125
GeneID130998125
locus_tag-
NCBI NameLOC130998125
原始查询SmilChr08G001866

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycine-rich protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839598]; symbol=AT1G27090; hit=AT1G27090; species=arabidopsis; confidence=medium
产物glycine-rich protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839598]; symbol=AT1G27090; hit=AT1G27090; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G27090 (AT1G27090)
glycine-rich protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839598]
identity=45.6; qcov=1.36; evalue=9.21e-41; confidence=medium
RiceOs03g0688200 (OSJNBa0022C08.20)
-
identity=61; qcov=0.415; evalue=1.08e-14; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998125

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057779541.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057779541.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057779541.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779541.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779541.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:16025197 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,B79,C16,C30
Chr8:16025205 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,C24,C56
Chr8:16025206 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 4 B135,C16,C41,C55
Chr8:16025206 CG C 1bp_deletion CDS_variant 4 B135,C16,C41,C55
Chr8:16025229 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B74,B77,C19,C2,C40
Chr8:16025285 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr8:16025286 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C29,D11,D2
Chr8:16025294 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,B53
Chr8:16025325 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,B53
Chr8:16025343 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B40
Chr8:16025377 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B104,B124,B20,C58
Chr8:16025403 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A19,B123,C20,C24,C37,C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923558.1
ATGGCGGCTGCGGCACCGGTCCTCAATCTAATCAACAAGCGCCTCTGGGAGCTGCGGAAGAAGCTCAAGCGCATCTCGCATATGGATGAGTCTCACGCCCAGGGCAAAACTCTCAACAAGGAGCAGGAGGAAACCCTCCGGTCCAAACCCTACGTCGTCGCCGGCATCGACGAGCTCGAGAAGATCCGGCAGCCGCTCCTCAGCGCCGTTGATCAGGAAATCGAGCTCACTCCGATGAGGGCCAACGATAACATGCTGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998125
ATGGCGGCTGCGGCACCGGTCCTCAATCTAATCAACAAGCGCCTCTGGGAGCTGCGGAAGAAGCTCAAGCGCATCTCGCATATGGATGAGTCTCACGCCCAGGGCAAAACTCTCAACAAGGAGCAGGAGGAAACCCTCCGGTCCAAACCCTACGTCGTCGCCGGCATCGACGAGCTCGAGAAGATCCGGCAGCCGCTCCTCAGCGCCGTTGATCAGGAAATCGAGCTCACTCCGATGAGGGCCAACGATAACATGCTGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779541.1
MAAAAPVLNLINKRLWELRKKLKRISHMDESHAQGKTLNKEQEETLRSKPYVVAGIDELEKIRQPLLSAVDQEIELTPMRANDNMLTRTHERNCCLTSDYVIDDDAAGDPLKEWDLDVIATVAGLLISRPVNLSLSHKHSLE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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