Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001869`

染色体: Chr08 坐标: 16144232-16146845 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001869`
名称	SmilChr08G001869
描述	probable trehalose-phosphate phosphatase J
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	16144232 - 16146845 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001408`
GeneID	`131001408`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001408`
原始查询	`SmilChr08G001869`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable trehalose-phosphate phosphatase J
产物	probable trehalose-phosphate phosphatase J
Arabidopsis	`AT5G65140` (TPPJ) Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836638] identity=68.3; qcov=0.989; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0409100` (OsTPP6) - identity=64.2; qcov=0.989; evalue=1.26e-165; confidence=high
GO	GO:0004805 (trehalose-phosphatase activity); GO:0005992 (trehalose biosynthetic process)
KEGG	smil00500 (Starch and sucrose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF02358 (Trehalose_PPase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001408

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	0.80000	`XP_057783778.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057783778.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057783778.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057783778.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783778.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:16146445`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783778.1

373 aa

186

373

Trehalose_PPase

PF02358 Trehalose_PPase 106-337 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783778.1`	Pfam	`PF02358`	Trehalose_PPase	Family	106	337	1.1e-71	241.4	Trehalose-phosphatase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927795.1
ACAAATCTTTCACACACAACACACACTGCTTTTCCCTCTCTTCTCTCTTGCATTTTGTTTTCTTTCGCCCTTCAGCTTTTTGGCAGATCTTTTGTTTCTGCGAGTAGCCAGAAATTTGTTTTGCAGTGCCCAAAAAACACCCTCTATATTCAATCCATTCTTGATCTTCTGCCCACATTTCCCCACATAAAAACAGAGACCTCTGTTTTGACCTCGGTTTCTTCCACTAAAAGTCTCGCTCATTCATCTTTCAATTCCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001408
ATGACGAAGCAGAATATGATGGTGGCGGACGCCAAGGTGGGAATCAACATGGAGCTATCAATGGCGGCGCAACGGCCGCCGGCGGTGCCGGGGACCTACTTCAGCATCTCTCAGAAGCAACTCCTGCAGAACCTGGAGATCAACAATGGCGCCAGGATCAACTCATGGCTCGATACCATGAGAGCCTCCTCCCCCACCCACATCAAAGCGCCGCCGCTCTCCGACGGCCAGAATTCTTGGATCCTCCGGCATCCGTCTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783778.1
MTKQNMMVADAKVGINMELSMAAQRPPAVPGTYFSISQKQLLQNLEINNGARINSWLDTMRASSPTHIKAPPLSDGQNSWILRHPSALDVFDEITTASKGKQIVMFLDYDGTLSPIVDDPDRAFMSESMRATVRKVARYFPTAIVSGRCRDKVYSFVRLTELYYAGSHGMDIKGPSKGYNKDAEAVLFQPASEFLPMIDEVYKALLEVTKSTPGARVENNKFCLSVHFRCVDEKKWIELAKQVGMVLEGYPSLRLSQGRK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器