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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001882

染色体: Chr08 坐标: 16342971-16343671 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001882
名称SmilChr08G001882
描述uncharacterized SmilChr08G001882
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向16342971 - 16343671 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001436
GeneID131001436
locus_tag-
NCBI NameLOC131001436
原始查询SmilChr08G001882

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nitric oxide synthase-interacting protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830885]; symbol=AT5G10210; hit=AT5G10210; species=arabidopsis; confidence=medium
产物nitric oxide synthase-interacting protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830885]; symbol=AT5G10210; hit=AT5G10210; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G10210 (AT5G10210)
nitric oxide synthase-interacting protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830885]
identity=37.9; qcov=1.03; evalue=1.12e-32; confidence=medium
RiceOs04g0455700
-
identity=28; qcov=0.641; evalue=6.72e-06; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF25334 (C2_GRDP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001436

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057783819.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057783819.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057783819.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057783819.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783819.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:16343061 G GAT 2bp_insertion frameshift_variant 7 B109,B131,B32,B63,B65,B82,C8
Chr8:16343094 T TGA 2bp_insertion frameshift_variant 1 C17
Chr8:16343094 T TGA 2bp_insertion CDS_variant 1 C17
Chr8:16343275 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783819.1
184 aa
N
1
92
184
C2_GRDP
C
PF25334 C2_GRDP 9-128 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783819.1 Pfam PF25334 C2_GRDP Domain 9 128 2.5e-06 28.3 C2 domain of glycine-rich domain-containing protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927836.1
CTCTCTCTCTCTCTATGGATCATAATTGTGAAGTGAGAATAATTAAAGGCAAAAACATTGAGACAAAACCAAATGGAGTAGTATTTGTTAGATGCTATCTTAATGCAGGAAACGGGTCAAGAGTGAGATTAGACAGCAAAGAAATCCCATCAAAATCCGACTCCATCACTTGGAACCAAACCTTCTCTCTACACTGCTCGGGCACCCAAGAATGCTTCCAACAAGGAACCCTAGTTTTTGAGCTCCGGCGGAGGAGCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001436
ATGGATCATAATTGTGAAGTGAGAATAATTAAAGGCAAAAACATTGAGACAAAACCAAATGGAGTAGTATTTGTTAGATGCTATCTTAATGCAGGAAACGGGTCAAGAGTGAGATTAGACAGCAAAGAAATCCCATCAAAATCCGACTCCATCACTTGGAACCAAACCTTCTCTCTACACTGCTCGGGCACCCAAGAATGCTTCCAACAAGGAACCCTAGTTTTTGAGCTCCGGCGGAGGAGCGCCTCTGCCGCGCCATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783819.1
MDHNCEVRIIKGKNIETKPNGVVFVRCYLNAGNGSRVRLDSKEIPSKSDSITWNQTFSLHCSGTQECFQQGTLVFELRRRSASAAPFISKIQGSRLIGRAEIRWEDVVGSTNMEVEDWVVLTPHKKQRVYDDIINPPTALQIGVKLRERCSEGVGRKTLSEERCGCNFCVDHEFFAIEAALEAL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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