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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001883

染色体: Chr08 坐标: 16352943-16355408 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001883
名称SmilChr08G001883
描述uncharacterized SmilChr08G001883
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向16352943 - 16355408 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001432
GeneID131001432
locus_tag-
NCBI NameLOC131001432
原始查询SmilChr08G001883

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hematological/neurological-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830145]; symbol=AT4G39860; hit=AT4G39860; species=arabidopsis; confidence=high
产物hematological/neurological-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830145]; symbol=AT4G39860; hit=AT4G39860; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G39860 (AT4G39860)
hematological/neurological-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830145]
identity=63.8; qcov=0.9; evalue=2.37e-129; confidence=high
RiceOs02g0574600
-
identity=61.9; qcov=0.909; evalue=3.65e-129; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF13266 (DUF4057)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001432

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057783813.1
2 Cell projection 细胞突起 1.00000 XP_057783813.1
3 Spindle Spindle 0.40000 XP_057783813.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057783813.1
5 Cilium 纤毛 0.20000 XP_057783813.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:16353183 A AAG 2bp_insertion frameshift_variant 9 B105,B134,B4,B46,B82,C36,C38,C48,C55
Chr8:16353296 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,C31
Chr8:16354391 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,B64
Chr8:16354596 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr8:16354610 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:16354850 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B46,B82,C24,C48
Chr8:16355049 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B27,C76
Chr8:16355057 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783813.1
341 aa
N
1
170
341
DUF4057
C
PF13266 DUF4057 38-339 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783813.1 Pfam PF13266 DUF4057 Family 38 339 6.2e-151 503.0 Protein of unknown function (DUF4057)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927830.1
AGTTGGATTGTTTGACCAACATTTGTGTGTGATTGTGATATGAAGCTCAGGAACGCCATTGCTCATTCATTCACGTGAATAATTGAAATTCAGTTATTTGGTTCTTTGAAACAGTAAAATTAAATAACACTCCTGTATAATAAAAAGGTAGTGTGGGGGTAAATATGTAAAATCATGTTAACAAGCAGAATTAAAGTAAACAGTAGTTTGGAGTTCTGGGTTCCAACTTCAAAAAAGGAGAAGCTAAGGTACCAGAGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001432
ATGTTAACAAGCAGAATTAAAGTAAACAGTAGTTTGGAGTTCTGGGTTCCAACTTCAAAAAAGGAGAAGCTAAGGTACCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGATGTCGAGAGCAACACCTGTTCGGAAGCCTCACACTTCCACTTCAGATCTGCTCACTTGGTCGGAAGCTCCGTCGCCCGCAGCTTCCTCCTCCGCCAACGCCGCCCGCCCCGCCTCTCGTGCTAACCAGCCGCCGGATGGAGTTGGTAAGGTGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783813.1
MLTSRIKVNSSLEFWVPTSKKEKLRYQRERERERGMSRATPVRKPHTSTSDLLTWSEAPSPAASSSANAARPASRANQPPDGVGKVLFGGQITDEEAENLNKRKPCSGYKLKEMNGSKIFAGNGEDGLTESGASDGNFNNRTSVRIVQQAAIGISQISFSTEEKISPKKPTTVPEVAKQRELSGTIESDSESRTRKQLSDAKSKELSGTDIFGPPSEVPARSSARAIGIKENKDMEEPAPRALRTSVRVSNPAGGQSNIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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