Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001887`

染色体: Chr08 坐标: 16384834-16389228 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001887`
名称	SmilChr08G001887
描述	uncharacterized SmilChr08G001887
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	16384834 - 16389228 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001425`
GeneID	`131001425`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001425`
原始查询	`SmilChr08G001887`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	TLD-domain containing nucleolar protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830146]; symbol=AT4G39870; hit=AT4G39870; species=arabidopsis; confidence=high
产物	TLD-domain containing nucleolar protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830146]; symbol=AT4G39870; hit=AT4G39870; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G39870` (AT4G39870) TLD-domain containing nucleolar protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830146] identity=53.7; qcov=1.03; evalue=1.8e-131; confidence=high
Rice	`Os06g0221100` - identity=54.3; qcov=0.984; evalue=1.15e-126; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF07534 (TLD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001425

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057783801.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057783801.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057783801.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057783801.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783801.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:16386309`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B18,B46,B82,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783801.1

382 aa

191

382

TLD

PF07534 TLD 194-359 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783801.1`	Pfam	`PF07534`	TLD	Domain	194	359	5.7e-40	137.7	TLDc domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927818.1
ATCTTTGTCCTTTGAGATTGGTGATTTCATATTACCAATTATTAATAGGAAAAGGTATTACAGATTTCCATTTCTTTTTTATTAAATAATTTTATAAAAAAAGAAGTAATTTAGAAGGTAGAATATAATACTCCAATTTCCAATTCCTCACCCACCATCATCATCTCTAAGAAAAAGAAACAGCATATTCTGGCTTCTCCAAATTTCGAGGCTGGTGATTAAATTTGATTGCATGCAGCAGCAGCACCTTATGCCGCATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001425
ATGGGGAGAAAGCAGAAGCAAGACGACCAACAAAAGCAGCCATCAAAGTCGTTCAGGAGTAAAGCAGCCCACTTGGTATCTGATCTAACCACCGGTTTGCTCAACCCAATCTCCGATAAACCATCCAGACCACCTCCGCAATCATCTCCTCATGATGATTTGAATAACTCTGAAAACAAACAGATCACAGAGGAGGTTTCGAAGGACTCTGTTGATGGTCCCGACACATCTTCATTTACTGCATTTCTCTATTCATTTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783801.1
MGRKQKQDDQQKQPSKSFRSKAAHLVSDLTTGLLNPISDKPSRPPPQSSPHDDLNNSENKQITEEVSKDSVDGPDTSSFTAFLYSFLAPSEPQTPSNSNLDRKSSSREDDFTPSSEPMTTKENVKKKSLFSRGKQSLGKALYQAARIGGYRSQSSKGSSDMAVGDGGDSKDDGIALKILNESQPSEDLNLPEISEPSLLLSEKTRSVLYASLPVIVQGRKWMLLYSTWRHGISLSTLYRRSTIWPGLSLLVVGDRKGATF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器