Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001902`

染色体: Chr08 坐标: 16515495-16517247 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001902`
名称	SmilChr08G001902
描述	linamarin synthase 2-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	16515495 - 16517247 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001421`
GeneID	`131001421`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001421`
原始查询	`SmilChr08G001902`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	linamarin synthase 2-like
产物	linamarin synthase 2-like
Arabidopsis	`AT1G22360` (UGT85A2) UDP-glucosyl transferase 85A2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838843] identity=52; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0755900` - identity=54.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001421

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057783795.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057783795.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057783795.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783795.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057783795.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:16515628`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B107
`Chr8:16515628`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B107
`Chr8:16515655`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B18
`Chr8:16515655`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B18
`Chr8:16515715`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C55
`Chr8:16515715`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C55
`Chr8:16515781`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B48,C28
`Chr8:16515907`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,C82
`Chr8:16516020`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	7	B68,B90,C46,C5,C55,C63,C64
`Chr8:16516022`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B139,B48,B92,C18
`Chr8:16516107`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr8:16516186`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C29,C78,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783795.1

478 aa

239

478

Glyco_transf_N

UDPGT

PF26168 Glyco_transf_N 12-132 aa PF00201 UDPGT 206-439 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783795.1`	Pfam	`PF26168`	Glyco_transf_N	Domain	12	132	1.2e-10	42.4	Glycosyltransferase, N-terminal domain
`XP_057783795.1`	Pfam	`PF00201`	UDPGT	Family	206	439	7e-26	91.8	UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927812.1
ATAAGATTCTGCGAGTCGCATATCGACAAAAGTAGAATAGGAGCATCATCAGAGACGCATGTGCTTATATATTTGTGGAACGACCACCATACATCCAACCCAAACCCCAAGAATTAAACACAAAAAATGGGGTCAACCGGAGCAGAGAAACCCCATGCAGTGATGGTCCCTTACCCAGCTCAAGGCCACGTCACCCCCATGATGCGGCTGGCCAAGCTCCTCCACTCCAGAGGCTTCCACATCACCTTCGTCAACACCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001421
ATGGGGTCAACCGGAGCAGAGAAACCCCATGCAGTGATGGTCCCTTACCCAGCTCAAGGCCACGTCACCCCCATGATGCGGCTGGCCAAGCTCCTCCACTCCAGAGGCTTCCACATCACCTTCGTCAACACCGAGTTCAACCACCGCCGCCTCATCCGCTCCAAGGGCCCCGACTCCGTGAAGGGCCTCCCCGACTTCCGCTTCGAGACCATCCCAGACGGCATGCCCCTGCAGTCTGACGAGGGCGCCACGCAGGACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783795.1
MGSTGAEKPHAVMVPYPAQGHVTPMMRLAKLLHSRGFHITFVNTEFNHRRLIRSKGPDSVKGLPDFRFETIPDGMPLQSDEGATQDIPALCYYTRTTCLAPFKALLARLHSPPVSCVVSDAVMSFGTRAAQEMGFPDVQFWTASACSFVGYLHYRELIKRGIAPFKNDDYLSDGTLDTPVDWVAGMPNIRLKDLPSFFQTTDPNDIMFDFLGEEAQSCLKASAVIFNTFRELEKEALDAVISRFNYTNFYTIGPLPLLDK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器