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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001922

染色体: Chr08 坐标: 16736856-16740208 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001922
名称SmilChr08G001922
描述lanC-like protein GCL1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向16736856 - 16740208 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001461
GeneID131001461
locus_tag-
NCBI NameLOC131001461
原始查询SmilChr08G001922

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述lanC-like protein GCL1
产物lanC-like protein GCL1
ArabidopsisAT5G65280 (GCL1)
GCR2-like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836653]
identity=67.4; qcov=0.945; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0497900
-
identity=48.3; qcov=0.908; evalue=2.06e-115; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0031179 (peptide modification)
KEGG-
PfamPF05147 (LANC_like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001461

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057783835.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057783835.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057783835.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783835.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783835.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:16737079 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr8:16737165 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr8:16737179 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,C15
Chr8:16737337 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105
Chr8:16737513 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr8:16737540 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,A24,B40,B6
Chr8:16737649 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,D10
Chr8:16737766 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr8:16738243 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B82,C23,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783835.1
422 aa
N
1
211
422
LANC_like
C
PF05147 LANC_like 71-421 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783835.1 Pfam PF05147 LANC_like Repeat 71 421 3.4e-87 293.0 Lanthionine synthetase C-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927852.1
CACTTCCCACAAAATTGCAGCGGCATCTCGCTATAAATATCTCACTCAAAGTGGAGGATTCTTCCCAACATATCTATCTGAGCAGTCATCATATCCATACCGACGTTTTTAAGTGAGAAGATAAAACTAGGAGAAAGAGAGGGTGGTGTTTAGAGAGAGAATGTCGTCTTGGGTGGTGGAGTATGCTTCAGAGGAGAGCAACAACAGCAAAAGTCATGATGATGTAGATGAACGGTTTGAGCTGCTCAGAGCTGCTTCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001461
ATGTCGTCTTGGGTGGTGGAGTATGCTTCAGAGGAGAGCAACAACAGCAAAAGTCATGATGATGTAGATGAACGGTTTGAGCTGCTCAGAGCTGCTTCTGATCCGAAGGACTCCGACCTTTCTCTCACGAATGATGCTTTTCTCAGAGCTGCCGTCTCCCTCAAAGATCAGGTGGTGGAGATGACGTGGAGACGGCGAGGAGCTGAAGGGAGCTTGGACCCGACAGTTTATACGGGTCTGATGGGGACGGCGTTCGCGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783835.1
MSSWVVEYASEESNNSKSHDDVDERFELLRAASDPKDSDLSLTNDAFLRAAVSLKDQVVEMTWRRRGAEGSLDPTVYTGLMGTAFACLRSYEATGARRDLQLCAEIVDACAAAGHISNRHVTFLCGRGGVYALGAITAKYSGDEEKRNFYLNCFLEMAQEKALPVGPEEGGFGMSYDLLYGRAGFLWAALLVNKYLGDETIPCDLLMGVVEAVLAGGRAGACDNLACPLMYRWHGTRYWGAAHGLVGILHVLLHFPLSED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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