当前解析结果
SmilChr08G001922| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001922 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001922 |
| 描述 | lanC-like protein GCL1 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 16736856 - 16740208 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001461 |
|---|---|
| GeneID | 131001461 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001461 |
| 原始查询 | SmilChr08G001922 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | lanC-like protein GCL1 |
| 产物 | lanC-like protein GCL1 |
| Arabidopsis | AT5G65280 (GCL1)GCR2-like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836653] identity=67.4; qcov=0.945; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os10g0497900- identity=48.3; qcov=0.908; evalue=2.06e-115; confidence=high |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0031179 (peptide modification) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05147 (LANC_like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001461 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057783835.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057783835.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057783835.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057783835.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057783835.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:16737079 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C60 |
Chr8:16737165 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | D10,D11 |
Chr8:16737179 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B15,C15 |
Chr8:16737337 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B105 |
Chr8:16737513 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D2 |
Chr8:16737540 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A2,A24,B40,B6 |
Chr8:16737649 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B136,D10 |
Chr8:16737766 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B78 |
Chr8:16738243 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B82,C23,C48 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783835.1PF05147
LANC_like 71-421 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783835.1 |
Pfam | PF05147 |
LANC_like | Repeat | 71 | 421 | 3.4e-87 | 293.0 | Lanthionine synthetase C-like protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。