当前解析结果
SmilChr08G001948| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001948 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001948 |
| 描述 | 14-3-3-like protein D |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 17156136 - 17159188 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001487 |
|---|---|
| GeneID | 131001487 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001487 |
| 原始查询 | SmilChr08G001948 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 14-3-3-like protein D |
| 产物 | 14-3-3-like protein D |
| Arabidopsis | AT5G65430 (GRF8)ral regulatory factor 8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836668] identity=84; qcov=0.996; evalue=9.13e-153; confidence=high |
| Rice | Os08g0430500 (GF14C)- identity=76.5; qcov=0.992; evalue=2.61e-137; confidence=high |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0007165 (signal transduction) |
| KEGG | smil04519 (Cadherin signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00244 (14-3-3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001487 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057783858.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057783858.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057783858.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057783858.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057783858.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:17156356 |
G |
GCC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 6 | B102,B120,B123,B3,C77,C9 |
Chr8:17156359 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B102,B120,B123,B3,C77,C9 |
Chr8:17157327 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | D10,D11 |
Chr8:17158335 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 104 | A1,A11,A13,A16,A23,A24,A25,A3,A5,B10,B101,B102,B110,B114,B115,B118,B119,B12,B120,B124,B125,B126,B135,B136,B14,B140,B15,B18,B2,B22,B24,B25,B27,B31,B33,B34,B38,B40,B41,B49,B50,B52,B53,B54,B55,B59,B60,B62,B65,B66,B76,B79,B8,B81,B85,B89,B9,B90,B91,B93,B94,B98,C15,C16,C2,C20,C21,C23,C3,C30,C31,C33,C34,C38,C39,C4,C41,C43,C47,C5,C50,C51,C54,C56,C57,C58,C59,C60,C62,C69,C7,C72,C75,C76,C80,C83,C84,C85,C87,C9,D10,D2,D4,D8 |
Chr8:17158339 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 103 | A1,A11,A16,A23,A24,A25,A3,A5,B10,B101,B102,B110,B114,B115,B118,B119,B12,B120,B124,B125,B126,B135,B136,B14,B140,B15,B18,B2,B22,B24,B25,B27,B31,B33,B34,B38,B40,B41,B49,B50,B52,B53,B54,B55,B59,B60,B62,B65,B66,B76,B79,B8,B81,B85,B88,B89,B9,B90,B91,B93,C15,C16,C18,C2,C20,C21,C23,C3,C30,C31,C33,C34,C38,C39,C4,C41,C43,C47,C5,C50,C51,C54,C56,C57,C58,C59,C60,C62,C69,C7,C72,C75,C76,C80,C83,C84,C85,C87,C9,D10,D2,D4,D8 |
Chr8:17158438 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C40 |
Chr8:17158515 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B82 |
Chr8:17158516 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:17158540 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B56,B96,D11 |
Chr8:17158581 |
GCA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 23 | A25,B101,B107,B117,B133,B138,B18,B20,B38,B39,B47,B66,B91,C3,C32,C40,C41,C56,C58,C59,C87,D10,D4 |
Chr8:17158585 |
A |
ACC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 22 | A25,B101,B107,B117,B133,B138,B20,B38,B39,B47,B66,B91,C3,C32,C40,C41,C56,C58,C59,C87,D10,D4 |
Chr8:17158657 |
G |
GCT |
2bp_insertion | stop_gained,frameshift_variant | 6 | B112,B138,B47,C3,C87,C9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783858.1PF00244
14-3-3 11-235 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783858.1 |
Pfam | PF00244 |
14-3-3 | Repeat | 11 | 235 | 3.4e-100 | 334.9 | 14-3-3 protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。