Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001951`

染色体: Chr08 坐标: 17170119-17176994 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001951`
名称	SmilChr08G001951
描述	uncharacterized SmilChr08G001951
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	17170119 - 17176994 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001489`
GeneID	`131001489`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001489`
原始查询	`SmilChr08G001951`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os02g0760200; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os02g0760200; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G24610` (AT4G24610) pesticidal crystal cry8Ba protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828563] identity=56; qcov=0.975; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0760200` - identity=59.7; qcov=0.904; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001489

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Trans-golgi network	Trans-golgi network	0.80000	`XP_057783862.1`
2	Golgi apparatus	高尔基体	0.60000	`XP_057783862.1`
3	Endosome	内体	0.40000	`XP_057783862.1`
4	Endocytic vesicle	Endocytic vesicle	0.20000	`XP_057783862.1`
5	Clathrin-coated vesicle	Clathrin-coated vesicle	0.20000	`XP_057783862.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:17171231`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C78
`Chr8:17172003`	`C`	`CCT`	2bp_insertion	frameshift_variant	7	B138,B20,B67,B83,B97,C18,C56
`Chr8:17172492`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr8:17173126`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B112,B20,B32,C54
`Chr8:17173144`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B112,B20,B32,C54
`Chr8:17173462`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	30	A24,A3,A6,B112,B128,B140,B42,B45,B63,B69,B72,B74,B90,B96,C14,C23,C28,C40,C46,C57,C59,C7,C71,C74,C8,C83,C87,D10,D3,D7
`Chr8:17173465`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	31	A24,A3,A6,B105,B112,B128,B140,B42,B45,B63,B69,B72,B74,B90,B96,C14,C23,C28,C40,C46,C57,C59,C7,C71,C74,C8,C83,C87,D10,D3,D7
`Chr8:17173535`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	36	A24,A6,B112,B128,B131,B135,B139,B42,B45,B54,B58,B69,B72,B74,B90,B96,C13,C14,C23,C24,C26,C28,C4,C40,C46,C57,C7,C70,C71,C74,C8,C83,C87,D10,D3,D7
`Chr8:17173748`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B38,B56,B74,C27
`Chr8:17173751`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B38,B74,C27
`Chr8:17173757`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B38,B74,C27
`Chr8:17173779`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B38,B74,C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927879.1
AAGATTCCAACTTTCATCTCCACATCCCAACCCCACCATCCTCATTAAAATCCATTTTCCATTTCTTAACGTCTCCTTTTTCTGTTGCAAAAAACAAGATTTTTGAAAATCTCTTTGTTTTCCTCCCCCCTTTTTTCTTTTGAAATTGTTAGTATTTGATTGACTTGAAAAACCCCATTTTAGTATTTTTTGGGAAAACAATTTGAAATGCGTAGGACTTGAAAGAAGATAACATGAGCTGAACCGAAACAATAGAGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001489
ATGACAAAGCAGAAGCTACATTCTGATTCAGTTGTGGGACTGAGGTACCGTGGCAATAGCCTCGGGCTGCCCTCTGTCTCCAAATTTCGCAGTGGGCATATGCCCTCTGGGATGAATGTTAGCCGTGTGATTGAAAGCCTCTCCGCATCGGACATGGACACCTCTGATTCCGAGGGTGAGGGCTATGGTGCGCGCGACTCCCTTGAGGCGTCGCCTCAAGATGATAAAGTGGCCAATGGTGGTGCTAGACACATTGCTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783862.1
MTKQKLHSDSVVGLRYRGNSLGLPSVSKFRSGHMPSGMNVSRVIESLSASDMDTSDSEGEGYGARDSLEASPQDDKVANGGARHIAFVNARATSPGNYYDRVVVGRGGAHRGSAYDESSESVTSSEVNSTPASSSNNGVSVEKRYNAGANLSSTSAQPNNQTLRQDLHNVREQDKFSDDDTPSAPPLAGLFQHQNQVSENLPTVRVDANPCSGTSRGSVVEIESNKYKSTKLGAAEVGTSEVSGRNAAVSSHPLGGRYPT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器