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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001974

染色体: Chr08 坐标: 17433713-17437515 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001974
名称SmilChr08G001974
描述vacuolar protein sorting-associated protein 55 homolog
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向17433713 - 17437515 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001508
GeneID131001508
locus_tag-
NCBI NameLOC131001508
原始查询SmilChr08G001974

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述vacuolar protein sorting-associated protein 55 homolog
产物vacuolar protein sorting-associated protein 55 homolog
ArabidopsisAT3G11530 (AT3G11530)
Vacuolar protein sorting 55 (VPS55) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820326]
identity=83.7; qcov=1; evalue=9.42e-55; confidence=high
RiceOs01g0966500
-
identity=83.7; qcov=1; evalue=3.35e-53; confidence=high
GOGO:0005768 (endosome); GO:0032511 (late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway)
KEGG-
PfamPF04133 (Vps55)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001508

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057783879.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057783879.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057783879.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057783885.1
5 Endocytic vesicle Endocytic vesicle 0.20000 XP_057783885.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:17436110 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 38 A1,A15,A18,A2,B11,B114,B125,B128,B131,B136,B137,B25,B32,B41,B42,B43,B5,B50,B6,B66,B77,B84,B88,B89,C18,C21,C29,C34,C35,C38,C44,C49,C54,C56,C63,C67,D11,D9
Chr8:17436132 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 28 B100,B109,B115,B132,B133,B134,B16,B24,B28,B3,B48,B54,B56,B70,B89,B9,B90,B92,B95,B96,C15,C26,C45,C76,C79,D5,D8,D9
Chr8:17436629 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B93
Chr8:17436629 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr8:17436634 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr8:17437092 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr8:17437150 GGC G 2bp_deletion frameshift_variant 1 B93
Chr8:17437150 GGC G 2bp_deletion CDS_variant 1 B93
Chr8:17437155 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B20,B22,C46,C5
Chr8:17437174 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,C38
Chr8:17437239 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B22
Chr8:17437248 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 3 B48,B51,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783879.1
113 aa
N
1
56
113
Vps55
C
PF04133 Vps55 2-107 aa
XP_057783880.1
113 aa
N
1
56
113
Vps55
C
PF04133 Vps55 2-107 aa
XP_057783881.1
113 aa
N
1
56
113
Vps55
C
PF04133 Vps55 2-107 aa
XP_057783882.1
113 aa
N
1
56
113
Vps55
C
PF04133 Vps55 2-107 aa
XP_057783883.1
106 aa
N
1
53
106
Vps55
C
PF04133 Vps55 16-100 aa
XP_057783884.1
106 aa
N
1
53
106
Vps55
C
PF04133 Vps55 16-100 aa
XP_057783885.1
92 aa
N
1
46
92
Vps55
C
PF04133 Vps55 1-86 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783879.1 Pfam PF04133 Vps55 Family 2 107 1.5e-30 106.2 Vacuolar protein sorting 55
XP_057783880.1 Pfam PF04133 Vps55 Family 2 107 1.5e-30 106.2 Vacuolar protein sorting 55
XP_057783881.1 Pfam PF04133 Vps55 Family 2 107 1.5e-30 106.2 Vacuolar protein sorting 55
XP_057783882.1 Pfam PF04133 Vps55 Family 2 107 1.5e-30 106.2 Vacuolar protein sorting 55
XP_057783883.1 Pfam PF04133 Vps55 Family 16 100 2.9e-14 53.6 Vacuolar protein sorting 55
XP_057783884.1 Pfam PF04133 Vps55 Family 16 100 2.9e-14 53.6 Vacuolar protein sorting 55
XP_057783885.1 Pfam PF04133 Vps55 Family 1 86 6e-19 68.8 Vacuolar protein sorting 55

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927899.1
GAAGTACTCATGGAAACGCCCAAATCCTGAATTCCTACTTTTTCTTAAATGAAGAAGAAAAACTAAATTCCTAATTACAGAATTAGTATGATTTTATAATGTGAAGAACAACTAAATTCCTAATTGGACTATCAGAATCTTCCTCAACTACAACAGACGATCTGCGAGCTTTACAACTGTGAATTCCCATTCCCAAACCCTAACAAATTCTGGAGTCTAATTGTGCGTCTTCGTTTGTATTGCTTGCTGCGGAAGAAACT...
XM_057927896.1
AAGTACTCATGGAAACGCCCAAATCCTGAATTCCTACTTTTTCTTAAATGAAGAAGAAAAACTAAATTCCTAATTACAGAATTAGTATGATTTTATAATGTGAAGAACAACTAAATTCCTAATTGGACTATCAGAATCTTCCTCAACTACAACAGACGATCTGCGAGCTTTACAACTGTGAATTCCCATTCCCAAACCCTAACAAATTCTGGAGTCTAATTGTGCGTCTTCGTTTGTATTGCTTGCTGCGGAAGAAACTT...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC131001508
ATGGCAATGACAATTGAAGGCTTGCGCGCTATACAGCAACTGGTGGCCAATGCTATCAGCTCTGATGTATGTTCTGGTGCCAATGCCTTGTCTTTTCTTTGGTGGTGGAACCACTCAGTTCCTTACGAGTCGAGAAGTTGGATAGATGCTGCCAAGTTCCTAACAGGTGCATCTGCTGTGGGAAGTATGGCCATTCCCATTATTCTGAGGCATGCAGGCTTGATTGGAACTGCAGCAATGTTCATCGAATTCACATCTTT...
LOC131001508
ATGGCAATGACAATTGAAGGCTTGCGCGCTATACAGCAACTGGTGGCCAATGCTATCAGCTCTGATGTATGTTCTGGTGCCAATGCCTTGTCTTTTCTTTGGTGGTGGAACCACTCAGTTCCTTACGAGTCGAGAAGTTGGATAGATGCTGCCAAGTTCCTAACAGGTGCATCTGCTGTGGGAAGTATGGCCATTCCCATTATTCTGAGGCATGCAGGCTTGATTGGAACTGCAGCAATGTTCATCGAATTCACATCTTT...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057783879.1
MFSSSILLQILACALYSNWWPMLSALMYVLVPMPCLFFGGGTTQFLTSREGGGWIDAAKFLTGASAVGSMAIPIILRHAGLIGTAAMFIEFTSFFIFVCTVLCFHRASLDDEW
XP_057783880.1
MFSSSILLQILACALYSNWWPMLSALMYVLVPMPCLFFGGGTTQFLTSREGGGWIDAAKFLTGASAVGSMAIPIILRHAGLIGTAAMFIEFTSFFIFVCTVLCFHRASLDDEW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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