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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001975

染色体: Chr08 坐标: 17438047-17441581 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001975
名称SmilChr08G001975
描述kinase-interacting protein 1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向17438047 - 17441581 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001510
GeneID131001510
locus_tag-
NCBI NameLOC131001510
原始查询SmilChr08G001975

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kinase-interacting protein 1
产物kinase-interacting protein 1
ArabidopsisAT2G22560 (NET2D)
Kinase interacting (KIP1-like) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816788]
identity=43.6; qcov=1.02; evalue=0; confidence=medium
RiceOs05g0119400
-
identity=43.2; qcov=0.468; evalue=8.76e-104; confidence=medium
GOGO:0003779 (actin binding)
KEGG-
PfamPF07765 (KIP1); PF24918 (NET2A_C); PF25014 (NET2A)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001510

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057783886.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057783886.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057783886.1
4 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057783886.1
5 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057783886.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:17438568 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:17440050 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B88
Chr8:17440716 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B22
Chr8:17441285 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783886.1
1024 aa
N
1
512
1024
KIP1
NET2A
NET2A_C
C
PF07765 KIP1 11-84 aa PF25014 NET2A 229-453 aa PF24918 NET2A_C 801-972 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783886.1 Pfam PF07765 KIP1 Family 11 84 8.3e-35 119.5 KIP1-like protein
XP_057783886.1 Pfam PF25014 NET2A Domain 229 453 2.3e-71 241.1 NET2A-like domain
XP_057783886.1 Pfam PF24918 NET2A_C Domain 801 972 7.7e-73 244.9 NET2A, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927903.1
TTGGAAAGTTGAGGAACAAGGCAAAAAAGGTGGCAGCTGGTTTGGTGGCCGCCACGTTGGTAGTTTGGTATATTAATGTCGAGTTGAAATGCCCCAAAATAGATTCTTCATTCTTGAACCGAGAATTCCTCGTAGCCCATTATGCTTCTCTTAACCCAAAATTAAGCCTCTGTTTTGGATAACACATTTTTGGCAAGCTTTGCTTTGTGTTGTTGAGGGATTGATGCGGAAAGAGAGAATCGGAGATGTTGCAGAGAGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001510
ATGTTGCAGAGAGCTGCGAACCATGCGTATTCATGGTGGTGGGCCAGCCACATTCGGACTAAGCAATCCAAATGGCTCGAGCAGAGCCTTCAAGACATGGAAGAGAAGGTACAAGGCATGCTCCAGCTGATCGAAGGCGACGGAGACTCGTTCGCGAAGAGGGCTGAGATGTACTACCGGAGGCGGCCGGAGCTGATCTGCGCCGTGGAGGAAGCCTACAAGGTCTTCCGCGCTCTGGCCGATCGCTACGACCTCCTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783886.1
MLQRAANHAYSWWWASHIRTKQSKWLEQSLQDMEEKVQGMLQLIEGDGDSFAKRAEMYYRRRPELICAVEEAYKVFRALADRYDLLSKDFQNANHTIATVFPEQVQFGMADDDDIPKIPDNFVIPEMNINMSKIPQVPKAPARDLKTIISKASKQFQVKKLKAQSRQKSVVKSGLSKEEALEEINKLQKEILSLQTVKEFVKSSYESGIAKYWGIESQVMEMHQKISRLQDEFNMDSVIEDEEARTLMAEAALKSCQETL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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