Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001987`

染色体: Chr08 坐标: 17595035-17597259 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001987`
名称	SmilChr08G001987
描述	protein ALP1-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	17595035 - 17597259 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998142`
GeneID	`130998142`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998142`
原始查询	`SmilChr08G001987`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein ALP1-like
产物	protein ALP1-like
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=52.7; qcov=0.247; evalue=1.23e-32; confidence=weak
Rice	`Os06g0597250` - identity=51.1; qcov=0.934; evalue=6.03e-141; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF28509 (DUF8418)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998142

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779559.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057779559.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057779559.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779559.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779559.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:17595039`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D10,D11
`Chr8:17595057`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D1
`Chr8:17595063`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B95
`Chr8:17595084`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B135,B35,C61
`Chr8:17595096`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:17595101`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,D11
`Chr8:17595102`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B5,B93,C19,C51,C77
`Chr8:17595987`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B129,B130,B66
`Chr8:17595989`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr8:17595992`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	25	A16,A19,A3,B111,B122,B15,B24,B42,B45,B51,B56,B63,B68,B7,B76,B86,B88,B96,C18,C19,C26,C32,C59,C68,D9
`Chr8:17596003`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B46,C11,C41,C52,C76
`Chr8:17596011`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779559.1

453 aa

226

453

DUF8418

Plant_tran

DDE_Tnp_4

PF28509 DUF8418 60-96 aa PF04827 Plant_tran 165-368 aa PF13359 DDE_Tnp_4 196-359 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779559.1`	Pfam	`PF28509`	DUF8418	Domain	60	96	3.8e-17	62.5	Domain of unknown function (DUF8418)
`XP_057779559.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	165	368	2.9e-94	315.1	Plant transposon protein
`XP_057779559.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	196	359	1.5e-08	35.1	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923576.1
ATGTCTTCCTCCTCATCAAGCCACGAGGACGAGCGACGTGCTGAAGAATTTTCCAATCTTGTACAACAATTTAACCAAATTGTTCAAGATATTGGTGATCCAGAAGAGCAACCTCGTCGTCGGCGACGAAGCGCGCAGAAGAAGGCTTTCATTCGTCGGGACCGTGAAGCCGGCGCTGTATGTTTGCACGCGGATAACTTTGATGAAAATCCGATCTACCCCGACAACATCTTCCGCCGTCGTTTTCGGATGCGTCATGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998142
ATGTCTTCCTCCTCATCAAGCCACGAGGACGAGCGACGTGCTGAAGAATTTTCCAATCTTGTACAACAATTTAACCAAATTGTTCAAGATATTGGTGATCCAGAAGAGCAACCTCGTCGTCGGCGACGAAGCGCGCAGAAGAAGGCTTTCATTCGTCGGGACCGTGAAGCCGGCGCTGTATGTTTGCACGCGGATAACTTTGATGAAAATCCGATCTACCCCGACAACATCTTCCGCCGTCGTTTTCGGATGCGTCATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779559.1
MSSSSSSHEDERRAEEFSNLVQQFNQIVQDIGDPEEQPRRRRRSAQKKAFIRRDREAGAVCLHADNFDENPIYPDNIFRRRFRMRHALFLRIVNAVASDSYFQQRTDALGRPGFAPLQKYTVAVRMLANGGATDQYDEYLRIAEPTALDCLRRFSRAIIQLFGAEYLRRPTSADCQRLLAMHEAKHGFPGMLGSLDCMHWAWKNCPTAWQGAYTRGDQGEPTIILEAVASQDLWIWHAFFGTPGSNNDINVLNNSTLFND...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器