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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001991

染色体: Chr08 坐标: 17630949-17636841 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001991
名称SmilChr08G001991
描述kinesin-like protein KIN-14R
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向17630949 - 17636841 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001525
GeneID131001525
locus_tag-
NCBI NameLOC131001525
原始查询SmilChr08G001991

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kinesin-like protein KIN-14R
产物kinesin-like protein KIN-14R
ArabidopsisAT2G22610 (AT2G22610)
Di-glucose binding protein with Kinesin motor domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816792]
identity=57.1; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0114000
-
identity=61.6; qcov=0.56; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0003777 (microtubule motor activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0007018 (microtubule-based movement); GO:0008017 (microtubule binding)
KEGG-
PfamPF00225 (Kinesin); PF11721 (Malectin); PF16796 (Microtub_bd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001525

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057783910.1
2 Spindle Spindle 1.00000 XP_057783910.1
3 Phragmoplast Phragmoplast 0.80000 XP_057783910.1
4 Spindle pole Spindle pole 0.80000 XP_057783910.1
5 Chromosome 染色体 0.60000 XP_057783910.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:17631161 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr8:17632080 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,C30,C50,C75
Chr8:17632392 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr8:17632607 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,C30,C50,C75
Chr8:17632907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B26,B37,C77
Chr8:17632944 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr8:17634361 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,C84
Chr8:17634367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,B92
Chr8:17634635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B5,B93,C19,C51,C77
Chr8:17635245 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B26,B37,C77
Chr8:17635270 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,C30,C50,C75
Chr8:17635619 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,B46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783910.1
1067 aa
N
1
534
1067
Malectin
Microtub_bd
Kinesin
C
PF11721 Malectin 76-200 aa PF16796 Microtub_bd 396-556 aa PF00225 Kinesin 421-735 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783910.1 Pfam PF11721 Malectin Domain 76 200 1.4e-15 58.4 Malectin domain
XP_057783910.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 396 556 1.1e-44 152.8 Microtubule binding
XP_057783910.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 421 735 2.2e-113 379.3 Kinesin motor domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927927.1
AGTGAAATCCAAATTTCAAACGCCAAACGCTCCGAAAACACACACAACGAGCACTCAAATTGCAGAAAGGAGGCAACCATTTTTTCCTTCTCAAAAAAGAAAAAAGTTGCTACTGTTTTTCTTTCTCCATTCTTCTAACCCATTGCACAAGCTAAAAGATTGTCCGAAAATTGCAAAACCCAATTCCCGAGTTCAAGAATGGAACAAAATTACGACTTCAAACCATTCAATGACAATCCAGAAATTCGTATTTCTTCTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001525
ATGGAACAAAATTACGACTTCAAACCATTCAATGACAATCCAGAAATTCGTATTTCTTCTAGCGGTTTCGGTTGGGAACAGGTGAAGAATTCGAATCAAGAAACAGGAGCTTCGGCTATGGAAGAAGACGAAAAGGAAGAGTCTGTGGCTGATTTAATGGTTTGGGATTCTGGTGCAAGACTAATCCCGAGTGGCTTCACAGATCCTTGCCCTACAGAGGAAATTGTGCTCTTTGTCAATGCTGGTTCCATGACATCAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783910.1
MEQNYDFKPFNDNPEIRISSSGFGWEQVKNSNQETGASAMEEDEKEESVADLMVWDSGARLIPSGFTDPCPTEEIVLFVNAGSMTSRESDSGVEFAADNFFEGGDIILTEDFILEGGDCSFIYQSARLGNFCYRFENLMAGDYFIDLHFSEIINVSGPKGMRVFNVFIQDEKILSEFDIFSIVGFNKPLQVVGARAAVKDDGILHLRFEGVFGSPILSGICVRRAPKSSVPQPTRDYFICTNCSTQIEYPSPQKKALRTK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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