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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002002

染色体: Chr08 坐标: 17793020-17794511 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002002
名称SmilChr08G002002
描述histone H4-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向17793020 - 17794511 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998143
GeneID130998143
locus_tag-
NCBI NameLOC130998143
原始查询SmilChr08G002002

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述histone H4-like
产物histone H4-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0000786 (nucleosome); GO:0003677 (DNA binding); GO:0030527 (structural constituent of chromatin); GO:0046982 (protein heterodimerization activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998143

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057779560.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057779560.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779560.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779560.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779560.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:17793032 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr8:17794028 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B13,B26,B37,C77,D11
Chr8:17794033 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,C14
Chr8:17794044 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr8:17794052 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,C14
Chr8:17794083 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr8:17794084 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr8:17794095 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr8:17794107 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr8:17794126 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B24,C85
Chr8:17794153 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B133,D10
Chr8:17794166 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923577.1
ATGTCGGGAAGAGAAAATGGGGACAAAGGTTTGTGGAAAGGCGGAGCTAAGCGGCACAAAAAGGTGCTGCGCGACAACATCCAGTGTATCGCGAAGCCGACCATCCCCTGGCCCTCGCTGCGTAACCACCGATTGGGATTGAAAGAAGAAGCTAGGATTTCCAGATCTGAGTACTATGCTGAATGGGGCCATCGAGTTTCAGAAACTTCAATTCTTCCGGCTGCTAGACCGAAAAGGGAAGGGAGGCGAAGTATGTGCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998143
ATGTCGGGAAGAGAAAATGGGGACAAAGGTTTGTGGAAAGGCGGAGCTAAGCGGCACAAAAAGGTGCTGCGCGACAACATCCAGTGTATCGCGAAGCCGACCATCCCCTGGCCCTCGCTGCGTAACCACCGATTGGGATTGAAAGAAGAAGCTAGGATTTCCAGATCTGAGTACTATGCTGAATGGGGCCATCGAGTTTCAGAAACTTCAATTCTTCCGGCTGCTAGACCGAAAAGGGAAGGGAGGCGAAGTATGTGCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779560.1
MSGRENGDKGLWKGGAKRHKKVLRDNIQCIAKPTIPWPSLRNHRLGLKEEARISRSEYYAEWGHRVSETSILPAARPKREGRRSMCSSSVACAAAKGRESATAAIEKEVRIFATR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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