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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002006

染色体: Chr08 坐标: 17837585-17840918 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002006
名称SmilChr08G002006
描述mitochondrial carnitine/acylcarnitine carrier-like protein
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向17837585 - 17840918 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001645
GeneID131001645
locus_tag-
NCBI NameLOC131001645
原始查询SmilChr08G002006

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitochondrial carnitine/acylcarnitine carrier-like protein
产物mitochondrial carnitine/acylcarnitine carrier-like protein
ArabidopsisAT5G46800 (BOU)
Mitochondrial substrate carrier family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834724]
identity=77.3; qcov=1.01; evalue=2.63e-172; confidence=high
RiceOs10g0573800
-
identity=77.8; qcov=1; evalue=1.48e-155; confidence=high
GOGO:0000064 (L-ornithine transmembrane transporter activity); GO:1990575 (mitochondrial L-ornithine transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00153 (Mito_carr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001645

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057784184.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057784184.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057784184.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784184.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784184.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:17840304 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B45,D11
Chr8:17840423 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C53
Chr8:17840423 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 C53
Chr8:17840494 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:17840506 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B13,B70,B88,C61,D11
Chr8:17840626 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B133
Chr8:17840658 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr8:17840721 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B51,C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784184.1
297 aa
N
1
148
297
Mito_carr
Mito_carr
Mito_carr
C
PF00153 Mito_carr 4-95 aa PF00153 Mito_carr 103-200 aa PF00153 Mito_carr 213-295 aa
XP_057784185.1
297 aa
N
1
148
297
Mito_carr
Mito_carr
Mito_carr
C
PF00153 Mito_carr 4-95 aa PF00153 Mito_carr 103-200 aa PF00153 Mito_carr 213-295 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784184.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 4 95 2.8e-68 226.4 Mitochondrial carrier protein
XP_057784184.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 103 200 2.8e-68 226.4 Mitochondrial carrier protein
XP_057784184.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 213 295 2.8e-68 226.4 Mitochondrial carrier protein
XP_057784185.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 4 95 2.8e-68 226.4 Mitochondrial carrier protein
XP_057784185.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 103 200 2.8e-68 226.4 Mitochondrial carrier protein
XP_057784185.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 213 295 2.8e-68 226.4 Mitochondrial carrier protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928201.1
CATTTACTCCCAATTTACTACTCTCTTCTCACCAATTTTCCTTTACACCAACTACCAAAGAATTTCCTTTCTGGTGTTGTTTATAGTGGAGTATTTTATAAGTTTTATTTACCCGTAAAACAAAATTGCCTACTTTAACGGGAATTAGCTAGTGCGTCTTAGTAAATTCTTCTCTAATTCCATTATTTTTCCTAAATTCAAATAATATATGATGTGCATATTTGTATAGTATATATACATAGATTCACATGATGTATTTG...
XM_057928202.1
CATTTACTCCCAATTTACTACTCTCTTCTCACCAATTTTCCTTTACACCAACTACCAAAGAATTTCCTTTCTGGTGTTGTTTATAGTGGAGTATTTTATAAGTTTTATTTACCCGTAAAACAAAATTGCCTACTTTAACGGGAATTAGCTAGGTCATCGTCATCTCGGATTAACGGCGCATCTAGCAAGATGGGTGATGTAGCTAAAGATCTTACGGCTGGTACCATTGGAGGGGCAGCACAATTGATATGCGGACATCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131001645
ATGGGTGATGTAGCTAAAGATCTTACGGCTGGTACCATTGGAGGGGCAGCACAATTGATATGCGGACATCCTTTTGACACCATCAAAGTCAAGCTCCAAAGTCAGCCTGTTCCCCTTCCTGGACAGCTTCCGAAATATTCAGGTGCTATAGATGCTGTGAAGCAAACATTAGCTGCTGAAGGTGCAGGGGGTTTGTACAAGGGCATGGGAGCCCCTCTCGCTACTGTGGCAGCCCTTAACGCAGTGCTCTTCACAGTACG...
LOC131001645
ATGGGTGATGTAGCTAAAGATCTTACGGCTGGTACCATTGGAGGGGCAGCACAATTGATATGCGGACATCCTTTTGACACCATCAAAGTCAAGCTCCAAAGTCAGCCTGTTCCCCTTCCTGGACAGCTTCCGAAATATTCAGGTGCTATAGATGCTGTGAAGCAAACATTAGCTGCTGAAGGTGCAGGGGGTTTGTACAAGGGCATGGGAGCCCCTCTCGCTACTGTGGCAGCCCTTAACGCAGTGCTCTTCACAGTACG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057784184.1
MGDVAKDLTAGTIGGAAQLICGHPFDTIKVKLQSQPVPLPGQLPKYSGAIDAVKQTLAAEGAGGLYKGMGAPLATVAALNAVLFTVRGQLEALLRSEPGAPLTVNQQVLCGAGAGVAVSLLACPTELIKCRLQAQSALATTGSGATALKYSGPMDVARRVLQSEGGARGLFKGLVPTMAREIPGNAAMFGVYEALKQYLAGGSDTSGLGRGSLMLAGGLAGGAFWLAVYPTDVVKSSIQVDDYKNPKFSGTVDAFRKILK...
XP_057784185.1
MGDVAKDLTAGTIGGAAQLICGHPFDTIKVKLQSQPVPLPGQLPKYSGAIDAVKQTLAAEGAGGLYKGMGAPLATVAALNAVLFTVRGQLEALLRSEPGAPLTVNQQVLCGAGAGVAVSLLACPTELIKCRLQAQSALATTGSGATALKYSGPMDVARRVLQSEGGARGLFKGLVPTMAREIPGNAAMFGVYEALKQYLAGGSDTSGLGRGSLMLAGGLAGGAFWLAVYPTDVVKSSIQVDDYKNPKFSGTVDAFRKILK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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