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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002010`

染色体: Chr08 坐标: 17856375-17862330 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002010`
名称	SmilChr08G002010
描述	DNA repair protein RAD4
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	17856375 - 17862330 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001532`
GeneID	`131001532`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001532`
原始查询	`SmilChr08G002010`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA repair protein RAD4
产物	DNA repair protein RAD4
Arabidopsis	`AT5G16630` (RAD4) DNA repair protein Rad4 family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831525] identity=45.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0427500` (XPC) - identity=43.5; qcov=0.963; evalue=0; confidence=medium
GO	GO:0000111 (nucleotide-excision repair factor 2 complex); GO:0003684 (damaged DNA binding); GO:0003697 (single-stranded DNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006289 (nucleotide-excision repair); GO:0006298 (mismatch repair); GO:0071942 (XPC complex)
KEGG	smil03420 (Nucleotide excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03835 (Rad4); PF10403 (BHD_1); PF10404 (BHD_2); PF10405 (BHD_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001532

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057783918.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057783918.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783918.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057783918.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057783918.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:17856632`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A6,B31,C9
`Chr8:17856834`	`C`	`CGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	6	B121,B124,B27,B69,C78,D5
`Chr8:17857349`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B17
`Chr8:17857355`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C46
`Chr8:17857732`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,B139,B73,C27
`Chr8:17857984`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr8:17857998`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr8:17858212`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,B122
`Chr8:17858321`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A6,B67,B7,C33,C9
`Chr8:17858756`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B124,B70,B88,C61,D11
`Chr8:17859204`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr8:17860822`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783918.1

955 aa

478

955

Rad4

BHD_1

BHD_2

BHD_3

PF03835 Rad4 441-556 aa PF10403 BHD_1 631-680 aa PF10404 BHD_2 684-747 aa PF10405 BHD_3 754-827 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783918.1`	Pfam	`PF03835`	Rad4	Domain	441	556	7.4e-23	81.6	Rad4 transglutaminase-like domain
`XP_057783918.1`	Pfam	`PF10403`	BHD_1	Domain	631	680	1.1e-16	61.2	Rad4 beta-hairpin domain 1
`XP_057783918.1`	Pfam	`PF10404`	BHD_2	Domain	684	747	2.1e-14	54.7	Rad4 beta-hairpin domain 2
`XP_057783918.1`	Pfam	`PF10405`	BHD_3	Domain	754	827	3.5e-26	92.1	Rad4 beta-hairpin domain 3

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927935.1
TTTTTCAGAGAAAAAACCAAACATATGCTTGGACCTAAAATTCCATGACTATGAGTCGGTGACTCGGTATCCCCGGCTCGCTGTACAATTTTCTACCGCGAAACCGCTGCAAGCCTGCAACTGTTGAACGGAGATAGAGACAGAGAGAGAATGCGAACCAGAAGCAAATCGAAGCGACCGCACTCAGTGGACAAACACGAAACAGTGAAAGGCGAGAGCGCCGATGATAATGAGACTCTGTCTAATATTTCTAGAGATGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001532
ATGCGAACCAGAAGCAAATCGAAGCGACCGCACTCAGTGGACAAACACGAAACAGTGAAAGGCGAGAGCGCCGATGATAATGAGACTCTGTCTAATATTTCTAGAGATGCTGTGGGAAAACTTTTGAAAAGAGTTAAGAAAGGGTTTAGCAAAGAAGATGTTGGTTATCTGCGTCACTGTGAGCCAGTCCCGCCGATGGAGAGAGAATCACAGGACTTTGAGAAAAGACCTACGGGTACAACTGGTGGAAATGATACAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783918.1
MRTRSKSKRPHSVDKHETVKGESADDNETLSNISRDAVGKLLKRVKKGFSKEDVGYLRHCEPVPPMERESQDFEKRPTGTTGGNDTAQPESHGREAMECVSDHRTDDEGYGSEWEDGSLHTFSEDLVNGVSVEFDVSPGLAKRKLIRRATAEEKEVAELVHKAHLLCLLGRGRLIDSACNDPLLQASLLSLVPKDLLKVADVPKLTARCLSPLVNWVHNNFHVRSASLDEKSCDLAMSSALESQEGTPEVVAALSVVLFR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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