Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002013`

染色体: Chr08 坐标: 17878739-17880536 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002013`
名称	SmilChr08G002013
描述	GDSL esterase/lipase At5g37690
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	17878739 - 17880536 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001615`
GeneID	`131001615`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001615`
原始查询	`SmilChr08G002013`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	GDSL esterase/lipase At5g37690
产物	GDSL esterase/lipase At5g37690
Arabidopsis	`AT5G37690` (AT5G37690) SGNH hydrolase-type esterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833748] identity=64.6; qcov=0.932; evalue=4.21e-175; confidence=high
Rice	`Os06g0257600` (OsGELP82) - identity=55.7; qcov=0.856; evalue=1.27e-140; confidence=high
GO	GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG	-
Pfam	PF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001615

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057784126.1`
2	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057784126.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057784126.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784126.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784126.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:17878881`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B44
`Chr8:17878881`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B44
`Chr8:17878984`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr8:17879019`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,C84
`Chr8:17879227`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr8:17879241`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B90,B92,D11
`Chr8:17879450`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr8:17879658`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,C84
`Chr8:17879661`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr8:17879869`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr8:17879877`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B4,B54
`Chr8:17879986`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784126.1

382 aa

191

382

Lipase_GDSL

PF00657 Lipase_GDSL 56-365 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784126.1`	Pfam	`PF00657`	Lipase_GDSL	Family	56	365	1.1e-36	127.6	GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928143.1
CAATTTGAAGAGAAATGATCAACTACCTATTGATCACACTGCATGCTCTAAAAACTAAGAGAAATCTAACCACCTAATATGAGGAACAACCGGTGAAAATGGGCACGACTCATGCACCCATCACTTGGTATAAATTTGTGGCATTTGAAGAGAAATTCCAGCTGCAAGTGATGGTGAAATTAATGGGAGGAGAGGTGGCGATGGCGATGATGTTGATGGTGATGTTTGGTGCAGCTTCAGGTTCAGCGTCGGCGTTGGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001615
ATGGGCACGACTCATGCACCCATCACTTGGTATAAATTTGTGGCATTTGAAGAGAAATTCCAGCTGCAAGTGATGGTGAAATTAATGGGAGGAGAGGTGGCGATGGCGATGATGTTGATGGTGATGTTTGGTGCAGCTTCAGGTTCAGCGTCGGCGTTGGTGACGTTCGTGTTCGGGGACTCGCTGACAGAAGTGGGGAACAACAACTACCTGCAGCTCTCCCTCGCCAAGTCCAACTATCCTTACTACGGCATCGACTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784126.1
MGTTHAPITWYKFVAFEEKFQLQVMVKLMGGEVAMAMMLMVMFGAASGSASALVTFVFGDSLTEVGNNNYLQLSLAKSNYPYYGIDFEAAKPTGRFTNGRTIGDIISAKLGIPAPPPYLSLSPTDDLILKGVNYASGGAGILNHTGLYFIERLSFDDQIEKFKSTKQSMRTKIGDEASNKLCNEAVYFIGIGSNDYVNNFLQPFQADGQQFTHDEFLELLISTLAEQLMRLYEVGARKMIFHGLGPLGCIPSQRMKSSRG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器