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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002021

染色体: Chr08 坐标: 17987794-17989122 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002021
名称SmilChr08G002021
描述uncharacterized SmilChr08G002021
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向17987794 - 17989122 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001628
GeneID131001628
locus_tag-
NCBI NameLOC131001628
原始查询SmilChr08G002021

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001628

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 0.60000 XP_057784150.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057784150.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057784150.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057784150.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784150.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:17988066 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr8:17988396 A AT 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 76 A10,A20,A22,A23,A25,A3,A7,A8,A9,B103,B107,B111,B113,B114,B115,B117,B120,B129,B13,B132,B133,B134,B135,B27,B30,B37,B38,B39,B4,B40,B46,B5,B50,B52,B54,B57,B6,B60,B61,B62,B63,B66,B71,B72,B78,B79,B91,B93,B99,C15,C19,C26,C29,C33,C37,C4,C41,C49,C51,C54,C57,C62,C64,C66,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C83,C85,C86,D10,D3,D8
Chr8:17988601 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 11 A24,B106,B122,B134,B31,B58,B75,C16,C2,C48,C50
Chr8:17988700 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 34 A4,A6,B106,B107,B118,B122,B130,B134,B136,B138,B140,B16,B35,B47,B58,B61,B66,B67,B69,B70,B77,C13,C15,C2,C20,C27,C44,C46,C49,C50,C53,C69,D10,D9
Chr8:17988702 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 34 A4,A6,B106,B107,B118,B122,B130,B134,B136,B138,B140,B16,B35,B47,B58,B61,B66,B67,B69,B70,B77,C13,C15,C2,C20,C27,C44,C46,C49,C50,C53,C69,D10,D9
Chr8:17988736 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 20 A4,B106,B118,B122,B136,B16,B35,B58,B61,B67,B69,B70,B77,C15,C20,C27,C46,C69,D10,D9
Chr8:17988742 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 18 A4,B106,B118,B122,B136,B16,B35,B58,B67,B69,B70,B77,C15,C20,C27,C46,D10,D9
Chr8:17988778 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 12 A15,A24,B36,B38,B39,B41,B47,B7,B78,B88,C86,D5
Chr8:17988797 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 3 B107,B16,B89
Chr8:17988797 C CA 1bp_insertion CDS_variant 3 B107,B16,B89
Chr8:17988871 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928167.1
GAATCCTAATCCCCAAGTAATTCGTGTCGCTCCACTCTAGTTTATATAAACACATACAATCCTAGCATCGGAAGCCACAGCACTCGCAGAGAAAGAGTCCTTAATTTGAGTCGGTGGTTGTGGAGTGATTACACAAGAATGGCAGCGACAGATGTGACGCAAGTAGGGATTAATTTTGAAGGGCAACACTATGTTGACAGTTTTCCGAAATTAGAGAAAAGAGGGAGAATTCCCAAAAGACAAAGACCATCAACTGCTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001628
ATGGCAGCGACAGATGTGACGCAAGTAGGGATTAATTTTGAAGGGCAACACTATGTTGACAGTTTTCCGAAATTAGAGAAAAGAGGGAGAATTCCCAAAAGACAAAGACCATCAACTGCTGCACCACAAGAGAAGTTGGGAGAGCAACAAATTCTAGTTGAAGATCACTGCTGCCGGGAATCAACGCATGTCGAGGAAGAAACTGCAGTGGCCGATCAAGAAGAAGAACACCAGAAATCGAATGATGAAGAAAAAGAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784150.1
MAATDVTQVGINFEGQHYVDSFPKLEKRGRIPKRQRPSTAAPQEKLGEQQILVEDHCCRESTHVEEETAVADQEEEHQKSNDEEKELENVGFDEHHKSDEAPQEEKDWVVTATQEIPLKSVEEGNPAEETETSTNEEDDYLFFGTFRSLIRIAAGNQEEREAPVEESNDGAHEREIIQQNKMEDVCVDEQQKSDAQIMTSSQESTQQEEEGVVSQLPNYVENPHKPTTDVEEKEISDSEVQKSTTDVVEGGAQEKQTTDM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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