当前解析结果
SmilChr08G002048| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002048 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002048 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G002048 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 18320249 - 18322667 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001552 |
|---|---|
| GeneID | 131001552 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001552 |
| 原始查询 | SmilChr08G002048 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | armadillo repeat only 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836752]; symbol=ARO2; hit=AT5G66200; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | armadillo repeat only 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836752]; symbol=ARO2; hit=AT5G66200; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G66200 (ARO2)armadillo repeat only 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836752] identity=72; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os09g0536200- identity=66.2; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding); GO:0007166 (cell surface receptor signaling pathway) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00514 (Arm); PF25055 (DUF7792) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001552 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057783993.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057783993.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057783993.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057783993.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057783993.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:18321478 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B102,B34,C53 |
Chr8:18321736 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A5,B7,C48 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783993.1PF25055
DUF7792 6-122 aa
PF00514
Arm 183-214 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783993.1 |
Pfam | PF25055 |
DUF7792 | Domain | 6 | 122 | 1.3e-53 | 180.8 | Domain of unknown function (DUF7792) |
XP_057783993.1 |
Pfam | PF00514 |
Arm | Repeat | 183 | 214 | 1.1e-20 | 73.6 | Armadillo/beta-catenin-like repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。