Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002058`

染色体: Chr08 坐标: 18448750-18452764 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002058`
名称	SmilChr08G002058
描述	RNA demethylase ALKBH9B
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	18448750 - 18452764 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001577`
GeneID	`131001577`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001577`
原始查询	`SmilChr08G002058`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA demethylase ALKBH9B
产物	RNA demethylase ALKBH9B
Arabidopsis	`AT2G17970` (AT2G17970) 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816307] identity=58.84; qcov=0.891; evalue=0.0; confidence=high
Rice	`Os06g0138200` (OSJNBa0041F13.13-2) - identity=53.83; qcov=0.848; evalue=2.05e-155; confidence=high
GO	GO:0003729 (mRNA binding); GO:0006402 (mRNA catabolic process); GO:0032451 (demethylase activity)
KEGG	-
Pfam	PF13532 (2OG-FeII_Oxy_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001577

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

Rank	定位位置	中文	五折投票比例	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057784042.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057784042.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057784042.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057784042.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:18449376`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B7,B80,C48
`Chr8:18450051`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B56,B96
`Chr8:18451352`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B56,B96
`Chr8:18451836`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B120,C41
`Chr8:18452490`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B140,B51,B78,C35,C82
`Chr8:18452504`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B140,B51,B78,C35,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784042.1

505 aa

252

505

2OG-FeII_Oxy_2

PF13532 2OG-FeII_Oxy_2 223-417 aa

XP_057784043.1

505 aa

252

505

2OG-FeII_Oxy_2

PF13532 2OG-FeII_Oxy_2 223-417 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784042.1`	Pfam	`PF13532`	2OG-FeII_Oxy_2	Domain	223	417	1.3e-12	49.0	2OG-Fe(II) oxygenase superfamily
`XP_057784043.1`	Pfam	`PF13532`	2OG-FeII_Oxy_2	Domain	223	417	1.3e-12	49.0	2OG-Fe(II) oxygenase superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XR_009093971.1
TCGTAGTTTCCTCGATATTTCATTACTTAGATTATTTTATTATTAATAAAGATAATATTTTGCCCCAAAACCCTAGGACTCCTATGTTTTCTGGAATTTCCCTTTGGTTGAATTCTTTTAGGTACCAAATTCTTACAACAGATTTATTATTCCCTTCATACATATATAATATATGATGTATAATACTATATTGTCTATCTGAAGACTCGACTCAGGCATCTCTCTCTCTCTGCGGCGACTCCTCCGCCATGACTAGCCAC...

XR_009093972.1
TCCTATGTTTTCTGGAATTTCCCTTTGGTTGAATTCTTTTAGACTCGACTCAGGCATCTCTCTCTCTCTGCGGCGACTCCTCCGCCATGACTAGCCACGCGAAAGCTCAAAACACGGACCCCTTCCTCCTTAACTACGATGACAACGAAGTCCGGATCGCTGCCGAATTCTTGTCCAATTGGTTGCCGTTCTTAGCTCGCGGCCTCTGCAAATCTTGCACGCAGACGATCTCCGACAGCATCCGATCTCTCCACACAGAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131001577
ATGACTAGCCACGCGAAAGCTCAAAACACGGACCCCTTCCTCCTTAACTACGATGACAACGAAGTCCGGATCGCTGCCGAATTCTTGTCCAATTGGTTGCCGTTCTTAGCTCGCGGCCTCTGCAAATCTTGCACGCAGACGATCTCCGACAGCATCCGATCTCTCCACACAGAACGGGATGCTGCTGTTTCTACACCAAGTATTTTAGATGTGAATCACTGTAAGGAAGACTCTGGTAACTGTAGTGCCCGTTCCACTGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057784042.1
MTSHAKAQNTDPFLLNYDDNEVRIAAEFLSNWLPFLARGLCKSCTQTISDSIRSLHTERDAAVSTPSILDVNHCKEDSGNCSARSTGSAKDSADNYDDDDTHSLGSWKDEADQLSEQAVEASSTSEALNSSARIASPRLKKSWADMAMEDELAAEEDNDVSNGLVDANDSFLEGTSVAEAKPKVALSRDQREYIRFYGVQRKKDFICLERINGKLVNILDGLELHKAIFSAAEQKRIVNYVEQLEEMGRNGQLKARTYTA...

XP_057784043.1
MTSHAKAQNTDPFLLNYDDNEVRIAAEFLSNWLPFLARGLCKSCTQTISDSIRSLHTERDAAVSTPSILDVNHCKEDSGNCSARSTGSAKDSADNYDDDDTHSLGSWKDEADQLSEQAVEASSTSEALNSSARIASPRLKKSWADMAMEDELAAEEDNDVSNGLVDANDSFLEGTSVAEAKPKVALSRDQREYIRFYGVQRKKDFICLERINGKLVNILDGLELHKAIFSAAEQKRIVNYVEQLEEMGRNGQLKARTYTA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器