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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002072

染色体: Chr08 坐标: 18606855-18610674 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002072
名称SmilChr08G002072
描述protein BASIC PENTACYSTEINE6-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向18606855 - 18610674 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001641
GeneID131001641
locus_tag-
NCBI NameLOC131001641
原始查询SmilChr08G002072

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein BASIC PENTACYSTEINE6-like
产物protein BASIC PENTACYSTEINE6-like
ArabidopsisAT5G42520 (BPC6)
basic pentacysteine 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834259]
identity=45.4; qcov=1.07; evalue=5.98e-88; confidence=high
RiceOs06g0130600
-
identity=46.3; qcov=1.02; evalue=2.81e-79; confidence=high
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0009723 (response to ethylene); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG-
PfamPF06217 (GAGA_bind)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001641

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057784176.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057784176.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784176.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784176.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057784176.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:18607139 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,B35,C61
Chr8:18607147 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr8:18607516 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr8:18607521 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr8:18607578 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B80
Chr8:18607699 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B20
Chr8:18607838 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,A9,B108,B71,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784176.1
305 aa
N
1
152
305
GAGA_bind
C
PF06217 GAGA_bind 10-305 aa
XP_057784177.1
305 aa
N
1
152
305
GAGA_bind
C
PF06217 GAGA_bind 10-305 aa
XP_057784179.1
305 aa
N
1
152
305
GAGA_bind
C
PF06217 GAGA_bind 10-305 aa
XP_057784180.1
305 aa
N
1
152
305
GAGA_bind
C
PF06217 GAGA_bind 10-305 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784176.1 Pfam PF06217 GAGA_bind Domain 10 305 1.2e-91 308.7 GAGA binding protein-like family
XP_057784177.1 Pfam PF06217 GAGA_bind Domain 10 305 1.2e-91 308.7 GAGA binding protein-like family
XP_057784179.1 Pfam PF06217 GAGA_bind Domain 10 305 1.2e-91 308.7 GAGA binding protein-like family
XP_057784180.1 Pfam PF06217 GAGA_bind Domain 10 305 1.2e-91 308.7 GAGA binding protein-like family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928193.1
TGGGGTCCGAAAACAGTACCCGGTTCAACTACCCCAGCTAAGGCCCGTACCCGAGTAGACCAATCGGTACACAACGACGTCGTTTCAGTCTCCGAACCACTGAAACGACGCCACTTAGCAGAATTGAATTCCCCAATTCAAAAAGCTCGTTGTGAAAAGAGGCATCTTTTATTCTCTCGCCTGCAACTCGGCGGATAGACACACGCACACTCAGCTCTCTTCTCTCCGGCGAGAAGGGGAGAGGGAGCGGGAAGAGAGAG...
XM_057928197.1
TGGGGTCCGAAAACAGTACCCGGTTCAACTACCCCAGCTAAGGCCCGTACCCGAGTAGACCAATCGGTACACAACGACGTCGTTTCAGTCTCCGAACCACTGAAACGACGCCACTTAGCAGAATTGAATTCCCCAATTCAAAAAGCTCGTTGTGAAAAGAGGCATCTTTTATTCTCTCGCCTGCAACTCGGCGGATAGACACACGCACACTCAGCTCTCTTCTCTCCGGCGAGAAGGGGAGAGGGAGCGGGAAGAGAGAG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131001641
ATGATGGACCACAATCACTTGACTATAAAGACCTTTATGGCCATTACGGCCGAGAGAGATGCTGCCATCCGAGAAAGGAACATGGCATTGGAGGAGAGGAAGAGGGCTTTTCAAGAGCGGGATATGGCAATGTTAGAGAGGGACGCTGCAATTGCTGAACGAAACACTGCCATGCAAGAACGGGATGAAGCAATTGCTTCTCTAAGATATCGAGAGAGCTCAATGAACGACAATACCAATATCCCCGATTCATTTGGAAA...
LOC131001641
ATGATGGACCACAATCACTTGACTATAAAGACCTTTATGGCCATTACGGCCGAGAGAGATGCTGCCATCCGAGAAAGGAACATGGCATTGGAGGAGAGGAAGAGGGCTTTTCAAGAGCGGGATATGGCAATGTTAGAGAGGGACGCTGCAATTGCTGAACGAAACACTGCCATGCAAGAACGGGATGAAGCAATTGCTTCTCTAAGATATCGAGAGAGCTCAATGAACGACAATACCAATATCCCCGATTCATTTGGAAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057784176.1
MMDHNHLTIKTFMAITAERDAAIRERNMALEERKRAFQERDMAMLERDAAIAERNTAMQERDEAIASLRYRESSMNDNTNIPDSFGNELASGGKRIIQYQQQQQMRVSDAAYSPKGNLRGNDIGIAETAETAKPRRGRQTKDKEGKATKSAKPPRAGKRTAEAVIKEEVNSDAYNGWSNEQGLESDEEYLDKQVSWKDNLGLNQINFDESAMPVPVCSCTGSPQPCYRWGNGGWQSACCTTTISMYPLPQVANKRYSRVG...
XP_057784177.1
MMDHNHLTIKTFMAITAERDAAIRERNMALEERKRAFQERDMAMLERDAAIAERNTAMQERDEAIASLRYRESSMNDNTNIPDSFGNELASGGKRIIQYQQQQQMRVSDAAYSPKGNLRGNDIGIAETAETAKPRRGRQTKDKEGKATKSAKPPRAGKRTAEAVIKEEVNSDAYNGWSNEQGLESDEEYLDKQVSWKDNLGLNQINFDESAMPVPVCSCTGSPQPCYRWGNGGWQSACCTTTISMYPLPQVANKRYSRVG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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