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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002081

染色体: Chr08 坐标: 18704455-18708320 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002081
名称SmilChr08G002081
描述uncharacterized SmilChr08G002081
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向18704455 - 18708320 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001673
GeneID131001673
locus_tag-
NCBI NameLOC131001673
原始查询SmilChr08G002081

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述voltage-dependent L-type calcium channel subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831517]; symbol=AT5G16550; hit=AT5G16550; species=arabidopsis; confidence=high
产物voltage-dependent L-type calcium channel subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831517]; symbol=AT5G16550; hit=AT5G16550; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G16550 (AT5G16550)
voltage-dependent L-type calcium channel subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831517]
identity=51.7; qcov=0.885; evalue=2.14e-66; confidence=high
RiceOs08g0425800
-
identity=54.4; qcov=0.203; evalue=7.09e-10; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001673

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057784222.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057784222.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784222.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784222.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784222.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:18704793 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B7,B80,C48
Chr8:18704902 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B24,C39
Chr8:18706698 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr8:18707951 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B24,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928239.1
GTATTGACATTATTAACATATTTTTGTGCAGCCGACATGGCAGATCCTCTCTCCACGCGTCCAACTCTGGCTGTCACCTTCATCGACTCTACTTCCCACGGCCCCCACTCTCTGTCTCTCCTCTCTCTACTTCCCATTCACTCACCCAATCAATGCTAATCACCTAATCGACTCACCATTGCTACTCAGCAGATCACCTCAGAGAAATTTCAATGGCGGACGATACTGCTCCCAAACAGCCCAACGGAGTCGTCATCGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001673
ATGGCGGACGATACTGCTCCCAAACAGCCCAACGGAGTCGTCATCGATCCCAACGAAGACGACTACGCCGGAGATTCTGAACACACGCAGGACCTCACCCTTTTCACCCTTCTTAACCGCTTGATCGCTGCCATTTTCTTCCCGGGCCCTAATTCCGCCCCTCTGCTGCAGAGGGTCAAAACCGCTCTCTCCGAGAATATTCCTCTGCTTCACGATGCTTCTAAGAACACTGTTGGCCGCCTTCTCCAATGGACCCGCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784222.1
MADDTAPKQPNGVVIDPNEDDYAGDSEHTQDLTLFTLLNRLIAAIFFPGPNSAPLLQRVKTALSENIPLLHDASKNTVGRLLQWTRRGSPLRALFVVSVGTIVFLTLAGLLVFMLFFVAATFNAVVISLVMSLAAAGGFLALFFACIAAIYIGALSVAIFVISTATISCIIAVLIATGWIGFFWTLWIAAQKSIGLAKHSVFITGSAFSAYSSAWHDRRDQTSKKSD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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