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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002082

染色体: Chr08 坐标: 18712436-18712882 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002082
名称SmilChr08G002082
描述uncharacterized SmilChr08G002082
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向18712436 - 18712882 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998155
GeneID130998155
locus_tag-
NCBI NameLOC130998155
原始查询SmilChr08G002082

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840410]; symbol=AT1G35210; hit=AT1G35210; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840410]; symbol=AT1G35210; hit=AT1G35210; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G35210 (AT1G35210)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840410]
identity=62.2; qcov=0.304; evalue=5.67e-12; confidence=low
RiceOs06g0218800
-
identity=29.7; qcov=0.932; evalue=1.34e-07; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF05340 (DUF740)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998155

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779571.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057779571.1
3 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057779571.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057779571.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779571.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:18712881 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 3 A24,C71,D4
Chr8:18712881 A AT 1bp_insertion CDS_variant 3 A24,C71,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779571.1
148 aa
N
1
74
148
DUF740
C
PF05340 DUF740 11-82 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779571.1 Pfam PF05340 DUF740 Family 11 82 2e-05 24.3 Protein of unknown function (DUF740)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923588.1
ATGGAACCATGGAAGGTAAGATCCAGTAGATCCAAGGCGAACAATGTGGTGGCCTGCAAGAAGCACCCCAAGCACAGGCAATCTCCGGGAGTTTGCTCTATCTGTCTGCGCCAGAAGCTCTCGCAGCTCTCCAATTGCGACAGCTCCAGAGCTGCCAGATCTCGATCCGCTTCTTCTGCTTCTTCTCTCTCCTCCTACGTCTCTTCTCTCTCCTCCTCAAATGCCTCGCCTGCGCCGGACGCCGTCGCCTTTTTCAGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998155
ATGGAACCATGGAAGGTAAGATCCAGTAGATCCAAGGCGAACAATGTGGTGGCCTGCAAGAAGCACCCCAAGCACAGGCAATCTCCGGGAGTTTGCTCTATCTGTCTGCGCCAGAAGCTCTCGCAGCTCTCCAATTGCGACAGCTCCAGAGCTGCCAGATCTCGATCCGCTTCTTCTGCTTCTTCTCTCTCCTCCTACGTCTCTTCTCTCTCCTCCTCAAATGCCTCGCCTGCGCCGGACGCCGTCGCCTTTTTCAGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779571.1
MEPWKVRSSRSKANNVVACKKHPKHRQSPGVCSICLRQKLSQLSNCDSSRAARSRSASSASSLSSYVSSLSSSNASPAPDAVAFFRKSRSMALVVPRRRKQEAGQNGKEIPIVKGGFWSKLLPQKSTRTLMHSRTTREIKGSLHHFIT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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