Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002083`

染色体: Chr08 坐标: 18722795-18725403 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002083`
名称	SmilChr08G002083
描述	ferredoxin--NADP reductase, leaf-type isozyme, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	18722795 - 18725403 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001611`
GeneID	`131001611`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001611`
原始查询	`SmilChr08G002083`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ferredoxin--NADP reductase, leaf-type isozyme, chloroplastic
产物	ferredoxin--NADP reductase%2C leaf-type isozyme%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G66190` (FNR1) ferredoxin-NADP[+]-oxidoreductase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836751] identity=82.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0107700` (OsLFNR2) ferredoxin--NADP reductase, leaf isozyme 1, chloroplastic-like [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4339874] identity=85.2; qcov=0.876; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0016491 (oxidoreductase activity)
KEGG	smil00195 (Photosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00175 (NAD_binding_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001611

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057784122.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057784122.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057784122.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784122.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784122.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:18723841`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr8:18724260`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr8:18724669`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C49,C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784122.1

390 aa

195

390

NAD_binding_1

PF00175 NAD_binding_1 216-330 aa

XP_057784123.1

363 aa

182

363

NAD_binding_1

PF00175 NAD_binding_1 216-330 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784122.1`	Pfam	`PF00175`	NAD_binding_1	Domain	216	330	5.3e-27	95.3	Oxidoreductase NAD-binding domain
`XP_057784123.1`	Pfam	`PF00175`	NAD_binding_1	Domain	216	330	4.6e-27	95.6	Oxidoreductase NAD-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928139.1
CTCTCTCTTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTTAGTTCATCACAGCAGGCATGGCTGCTGCTGTAAGCGCTGCAGTCTCTCTACCTGCCACCAAGACCGCCTCTCTTTCATCTAGAACATCCATTATTTCTCCAGAAAGCATCAATTTCAACAAGGCCCCCTTACACTACAGAAATGTGTCGTCTGTGGGTGCCAAGATCGCACCAATCAGAGCACAGGTAACTACAGAAGCTCCTGCTAAAGCCGAGAAGATTTCCAAGA...

XM_057928140.1
CTCTCTCTTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTTAGTTCATCACAGCAGGCATGGCTGCTGCTGTAAGCGCTGCAGTCTCTCTACCTGCCACCAAGACCGCCTCTCTTTCATCTAGAACATCCATTATTTCTCCAGAAAGCATCAATTTCAACAAGGCCCCCTTACACTACAGAAATGTGTCGTCTGTGGGTGCCAAGATCGCACCAATCAGAGCACAGGTAACTACAGAAGCTCCTGCTAAAGCCGAGAAGATTTCCAAGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131001611
ATGGCTGCTGCTGTAAGCGCTGCAGTCTCTCTACCTGCCACCAAGACCGCCTCTCTTTCATCTAGAACATCCATTATTTCTCCAGAAAGCATCAATTTCAACAAGGCCCCCTTACACTACAGAAATGTGTCGTCTGTGGGTGCCAAGATCGCACCAATCAGAGCACAGGTAACTACAGAAGCTCCTGCTAAAGCCGAGAAGATTTCCAAGAAACAGGAAGAAGGGGTGATTGTCAACAAATTCAGGCCAAAAGAGCCATA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057784122.1
MAAAVSAAVSLPATKTASLSSRTSIISPESINFNKAPLHYRNVSSVGAKIAPIRAQVTTEAPAKAEKISKKQEEGVIVNKFRPKEPYIGRCLLNVKLTGDDAPGETWHMVFSTEGEVPYREGQSIGVIADGVDKNGKPHKLRLYSIASSALGDFGDSKTVSLCVKRLVYTNDQGEIVKGVCSNFLCDLKAGDEVKITGPVGKEMLMPKDPNATVIMLGTGTGIAPFRAFLWKMFFEEHEDYKFNGLAWLFLGVPTSSSLL...

XP_057784123.1
MAAAVSAAVSLPATKTASLSSRTSIISPESINFNKAPLHYRNVSSVGAKIAPIRAQVTTEAPAKAEKISKKQEEGVIVNKFRPKEPYIGRCLLNVKLTGDDAPGETWHMVFSTEGEVPYREGQSIGVIADGVDKNGKPHKLRLYSIASSALGDFGDSKTVSLCVKRLVYTNDQGEIVKGVCSNFLCDLKAGDEVKITGPVGKEMLMPKDPNATVIMLGTGTGIAPFRAFLWKMFFEEHEDYKFNGLAWLFLGVPTSSSLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器