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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002088`

染色体: Chr08 坐标: 18767876-18770467 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002088`
名称	SmilChr08G002088
描述	superoxide dismutase [Fe], chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	18767876 - 18770467 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001643`
GeneID	`131001643`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001643`
原始查询	`SmilChr08G002088`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	superoxide dismutase [Fe], chloroplastic-like
产物	superoxide dismutase [Fe]%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT5G51100` (FSD2) Fe superoxide dismutase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835183] identity=65; qcov=0.941; evalue=9.09e-138; confidence=high
Rice	`Os06g0115400` (OsFSD1.1) - identity=52.2; qcov=0.737; evalue=7.34e-85; confidence=high
GO	GO:0004784 (superoxide dismutase activity); GO:0006801 (superoxide metabolic process); GO:0042644 (chloroplast nucleoid); GO:0046872 (metal ion binding)
KEGG	smil04146 (Peroxisome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00081 (Sod_Fe_N); PF02777 (Sod_Fe_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001643

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057784182.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057784182.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057784182.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784182.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784182.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:18768164`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr8:18768174`	`A`	`ATC`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B54
`Chr8:18768174`	`A`	`ATC`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B54
`Chr8:18769131`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D1
`Chr8:18769131`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D1
`Chr8:18769134`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,C15
`Chr8:18769208`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A9
`Chr8:18769827`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B56
`Chr8:18770202`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	B22,B37,C11,C19,C65,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784182.1

304 aa

152

304

Sod_Fe_N

Sod_Fe_C

PF00081 Sod_Fe_N 55-132 aa PF02777 Sod_Fe_C 140-256 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784182.1`	Pfam	`PF00081`	Sod_Fe_N	Domain	55	132	1.1e-22	80.9	Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain
`XP_057784182.1`	Pfam	`PF02777`	Sod_Fe_C	Domain	140	256	1.7e-34	118.6	Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928199.1
ATTTCAAATGCCAATAAAAGGCAACACCTGGAGAACATTGCTACCTCGCTGCTGGATACTTCCATTTTGTTGTAATATTATCCAAACCACAATTTTTGTAACCAAATCTGTACTGCCCTCAATCCGACGTAGTACATGATTGTACTGCCAAACTCCTATTGACACACTACACAATCGCTAGTTAGGTAAGGTAATCTCGATACATTTTCCCACACTTGCACCCTATAGTTGTGCTTCTTTACTCCAAAATTCCCATCTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001643
ATGGCTGCCGCAGCGGCTTTCGCCACTCCTTTGAAATGCACCTTTTCCACTTCCCATAATGTTTCCGGGTCCACGCGGGGCCTCCATTGGCGGAAGAATGAGAGAAGCGTCAAGAGAGCTTATCGTGGCGTCATAACAGCGAAAATCGATCACAAGCCCCCGCCTTACGCTTTAGAGGCTCTAGAACCTCATATGAGCCTTGAAACATTTGAATATCATTGGGGGAAGCATCACAGGGCTTATGTTGATAACCTTAACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784182.1
MAAAAAFATPLKCTFSTSHNVSGSTRGLHWRKNERSVKRAYRGVITAKIDHKPPPYALEALEPHMSLETFEYHWGKHHRAYVDNLNKQIVGTQLDTKSLDEIILATYNKGDLLPPFNNAAQVWNHEFFWESMKPGGGGQPSGELAELIKRDFGSFEAFVSEFKAAAATQFGSGWAWLVYKANRLDVGNAVNPLPSEEDKKLVVVKSPNAINPLVYDYSPLLTIDVWEHAYYLDYQNRRPEYISTFMEKLVSWDAVSLRLE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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