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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002089

染色体: Chr08 坐标: 18772869-18774307 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002089
名称SmilChr08G002089
描述thaumatin-like protein 1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向18772869 - 18774307 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001646
GeneID131001646
locus_tag-
NCBI NameLOC131001646
原始查询SmilChr08G002089

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述thaumatin-like protein 1
产物thaumatin-like protein 1
ArabidopsisAT4G36010 (AT4G36010)
Pathosis-related thaumatin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829757]
identity=66.8; qcov=0.818; evalue=1.12e-111; confidence=high
RiceOs09g0536300 (P0569E11.19)
-
identity=66.8; qcov=0.828; evalue=1.09e-100; confidence=high
GOGO:0005576 (extracellular region); GO:0006952 (defense response)
KEGG-
PfamPF00314 (Thaumatin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001646

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057784186.1
2 Cell wall 细胞壁 0.60000 XP_057784186.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784186.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784186.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784186.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:18773016 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,B33
Chr8:18773301 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,B33
Chr8:18773436 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr8:18773471 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B72,C11,C69
Chr8:18773571 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,C25
Chr8:18773693 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C8
Chr8:18773706 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B77,C19
Chr8:18773941 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,C46,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784186.1
291 aa
N
1
146
291
Thaumatin
C
PF00314 Thaumatin 29-241 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784186.1 Pfam PF00314 Thaumatin Domain 29 241 1e-81 274.4 Thaumatin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928203.1
GCCGACCTATTGAAACGCACACTCGGCTTCGTCTCCCTCTGCCAATGTCGGTTAACAATTTCCCCTATTTATTCCAATTCATCGTCACCCCTTCCTCATTTCTTCACCACCAATTAATCTTTATCAATCAATGGCGGCTAATGCCCTCGCTACCGTCTTCTCTATCCTCATTCTATCACTTACACCCGTGTTTCCGGCGACGTTTACATTCGTAAACCAGTGCGGCCACACCGTTTGGCCGGGGTTACTATCAAACGCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001646
ATGGCGGCTAATGCCCTCGCTACCGTCTTCTCTATCCTCATTCTATCACTTACACCCGTGTTTCCGGCGACGTTTACATTCGTAAACCAGTGCGGCCACACCGTTTGGCCGGGGTTACTATCAAACGCCGGCACCCCCCAGCTCCCGACAACCGGATTCCCCCTCAACTCCGGCGACTCGCTCCCCGTCCCCGTCCCGCCCTCCTGGTCCGGCCGCATGTGGGGACGCACCCTCTGCTCGCTCGACCCCGACACCGGTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784186.1
MAANALATVFSILILSLTPVFPATFTFVNQCGHTVWPGLLSNAGTPQLPTTGFPLNSGDSLPVPVPPSWSGRMWGRTLCSLDPDTGRFACLTGDCGSGAIECAGGGAAPPATLAEFTLDGAGGLDFYDVSLVDGYNLPMLVAPRGGSGGNCTITGCAADLNAACPAEQKAAGGGACRSACEAFGDPKYCCSGEYATPDTCRPSVYSEAFKSACPRAYSYAYDDGTSTFTCASADYVVTFCPTPSTSEKASEEVSSSALLV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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