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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002091

染色体: Chr08 坐标: 18798638-18799829 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002091
名称SmilChr08G002091
描述thiosulfate sulfurtransferase 18
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向18798638 - 18799829 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001702
GeneID131001702
locus_tag-
NCBI NameLOC131001702
原始查询SmilChr08G002091

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述thiosulfate sulfurtransferase 18
产物thiosulfate sulfurtransferase 18
ArabidopsisAT5G66170 (STR18)
sulfurtransferase 18 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836749]
identity=55.3; qcov=0.884; evalue=4.73e-45; confidence=medium
RiceOs02g0102300 (STR5)
-
identity=59.3; qcov=0.915; evalue=5.17e-48; confidence=medium
GOGO:0003824 (catalytic activity)
KEGG-
PfamPF00581 (Rhodanese)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001702

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057784265.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057784265.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784265.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784265.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784265.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:18798751 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 3 B108,C46,C8
Chr8:18798751 TCA T 2bp_deletion CDS_variant 3 B108,C46,C8
Chr8:18798823 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr8:18798843 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C71,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784265.1
130 aa
N
1
65
130
Rhodanese
C
PF00581 Rhodanese 20-116 aa
XP_057784266.1
129 aa
N
1
64
129
Rhodanese
C
PF00581 Rhodanese 19-115 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784265.1 Pfam PF00581 Rhodanese Domain 20 116 2.7e-14 54.2 Rhodanese-like domain
XP_057784266.1 Pfam PF00581 Rhodanese Domain 19 115 2.6e-14 54.2 Rhodanese-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928282.1
AATTAGTGAGAGCTCTCAAATATGTATACCTATATATAATATAGATAGATTGAATCAAACATCGAAATTCACATCATATATAAAACGCAACCAAAACTCTATCTCTACTGCTTCAATTCATTTCCTCTGCTGCAAATTTCAATAATACCGTCTTCCATTTTCATGGATATCGTCAAGAAAAGCAGTGGAGCTGAAGTAATCACTGTGGATATCAATGCAGCTAAAGATCTGCTCACTCATGGCCACCGCTATCTTGATGT...
XM_057928283.1
TATACCTATATATAATATAGATAGATTGAATCAAACATCGAAATTCACATCATATATAAAACGCAACCAAAACTCTATCTCTACTGCTTCAATTCATTTCCTCTGCTGCAAATTTCAATAATACCGTCTTCCATTTTCATGGATATCGTCAAGAAAAGTGGAGCTGAAGTAATCACTGTGGATATCAATGCAGCTAAAGATCTGCTCACTCATGGCCACCGCTATCTTGATGTTAGGACTGAAGAAGAATTCAAGAAAGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131001702
ATGGATATCGTCAAGAAAAGTGGAGCTGAAGTAATCACTGTGGATATCAATGCAGCTAAAGATCTGCTCACTCATGGCCACCGCTATCTTGATGTTAGGACTGAAGAAGAATTCAAGAAAGGTCATCTGGAGAATGCTTTGAACATTCCTTACATGTTTAGTACTCCAGAAGGCAGGGTGAAAAATCCCAAGTTCTTGGAGCAGGTTATGGCCATTTGTGGCAAGGAAGATAATCTTGTAGTGGGTTGCCAAAGTGGGGT...
LOC131001702
ATGGATATCGTCAAGAAAAGCAGTGGAGCTGAAGTAATCACTGTGGATATCAATGCAGCTAAAGATCTGCTCACTCATGGCCACCGCTATCTTGATGTTAGGACTGAAGAAGAATTCAAGAAAGGTCATCTGGAGAATGCTTTGAACATTCCTTACATGTTTAGTACTCCAGAAGGCAGGGTGAAAAATCCCAAGTTCTTGGAGCAGGTTATGGCCATTTGTGGCAAGGAAGATAATCTTGTAGTGGGTTGCCAAAGTGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057784265.1
MDIVKKSSGAEVITVDINAAKDLLTHGHRYLDVRTEEEFKKGHLENALNIPYMFSTPEGRVKNPKFLEQVMAICGKEDNLVVGCQSGVRSVYATRDLLDAEFKRVLNMGGGYIAWVGNGFAVKKSDNVEI
XP_057784266.1
MDIVKKSGAEVITVDINAAKDLLTHGHRYLDVRTEEEFKKGHLENALNIPYMFSTPEGRVKNPKFLEQVMAICGKEDNLVVGCQSGVRSVYATRDLLDAEFKRVLNMGGGYIAWVGNGFAVKKSDNVEI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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