Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002093`

染色体: Chr08 坐标: 18826561-18827097 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002093`
名称	SmilChr08G002093
描述	uncharacterized SmilChr08G002093
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	18826561 - 18827097 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998156`
GeneID	`130998156`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998156`
原始查询	`SmilChr08G002093`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766658]; symbol=AT1G04625; hit=AT1G04625; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766658]; symbol=AT1G04625; hit=AT1G04625; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G04625` (AT1G04625) Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766658] identity=29.1; qcov=0.753; evalue=7.7e-06; confidence=low
Rice	`-` -
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF13456 (RVT_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998156

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057779572.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057779572.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057779572.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779572.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779572.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:18826577`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,C76,D10,D8
`Chr8:18826584`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	A24,B24,B29,B33,C39,C41
`Chr8:18826617`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C76,D8
`Chr8:18826620`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	58	A11,A19,A3,A7,B102,B104,B105,B11,B110,B112,B114,B121,B123,B124,B14,B15,B16,B17,B19,B22,B24,B29,B31,B35,B36,B44,B49,B51,B52,B57,B6,B61,B64,B70,B78,B80,B89,B91,B97,C15,C16,C20,C24,C26,C3,C30,C39,C42,C43,C46,C49,C52,C6,C62,C74,D1,D10,D11
`Chr8:18826668`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B36
`Chr8:18826676`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B133
`Chr8:18826676`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B133
`Chr8:18826685`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,D10
`Chr8:18826712`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B35
`Chr8:18826712`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B35
`Chr8:18826719`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	A20,A25,C70
`Chr8:18826719`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,A25,C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779572.1

178 aa

178

RVT_3

PF13456 RVT_3 52-171 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779572.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	52	171	1.8e-12	48.0	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923589.1
ATGGATATTGGCGTTCATAAGCTGGGAAATATGCATAATTCTTGGACCGATTACACCTCCCTTCGCACCATTGGAGTCTCACTTAGAGCGGCGCCTCCACCTAAGGTCGTGAACATGCATTGGTGGCCTCTTGTCGCTCCTTGGATTAAAGTTAACACTGATGGGTCTGCTTTGGGGGCTCCGAGCAATATTGCACCCGGCGACATCTTTAGGGACAGTTGGGCTTGGGTTCGTGGGTGTTTTCACTTTACTGGTGGGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998156
ATGGATATTGGCGTTCATAAGCTGGGAAATATGCATAATTCTTGGACCGATTACACCTCCCTTCGCACCATTGGAGTCTCACTTAGAGCGGCGCCTCCACCTAAGGTCGTGAACATGCATTGGTGGCCTCTTGTCGCTCCTTGGATTAAAGTTAACACTGATGGGTCTGCTTTGGGGGCTCCGAGCAATATTGCACCCGGCGACATCTTTAGGGACAGTTGGGCTTGGGTTCGTGGGTGTTTTCACTTTACTGGTGGGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779572.1
MDIGVHKLGNMHNSWTDYTSLRTIGVSLRAAPPPKVVNMHWWPLVAPWIKVNTDGSALGAPSNIAPGDIFRDSWAWVRGCFHFTGGVGFSFEAELLAIILVVQIAYSRGRLHLWIESDFFYIVHLLQSRSTSVPWRFAASWRKVLELLKDFRLQVTHIFREENHVVDIMAHQNTPEGW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器