当前解析结果
SmilChr08G002100| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002100 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002100 |
| 描述 | L10-interacting MYB domain-containing protein-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 18870379 - 18872671 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001648 |
|---|---|
| GeneID | 131001648 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001648 |
| 原始查询 | SmilChr08G002100 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | L10-interacting MYB domain-containing protein-like |
| 产物 | L10-interacting MYB domain-containing protein-like |
| Arabidopsis | AT5G05800 (AT5G05800)Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830465] identity=29.1; qcov=0.965; evalue=4.03e-24; confidence=low |
| Rice | Os04g0463600- identity=21.8; qcov=1.21; evalue=1.96e-17; confidence=weak |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF12776 (Myb_DNA-bind_3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001648 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057784187.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057784187.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057784187.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057784187.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057784187.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:18870727 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B117 |
Chr8:18871045 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr8:18871497 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784187.1PF12776
Myb_DNA-bind_3 24-118 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784187.1 |
Pfam | PF12776 |
Myb_DNA-bind_3 | Domain | 24 | 118 | 3.6e-23 | 83.1 | Myb/SANT-like DNA-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。