当前解析结果
SmilChr08G002114| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002114 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002114 |
| 描述 | probable inactive purple acid phosphatase 28 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 19006287 - 19011588 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001604 |
|---|---|
| GeneID | 131001604 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001604 |
| 原始查询 | SmilChr08G002114 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable inactive purple acid phosphatase 28 |
| 产物 | probable inactive purple acid phosphatase 28 |
| Arabidopsis | AT5G57140 (PAP28)purple acid phosphatase 28 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835820] identity=60.6; qcov=0.98; evalue=9.83e-179; confidence=high |
| Rice | Os06g0699200- identity=60; qcov=0.9; evalue=2.97e-153; confidence=high |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00149 (Metallophos) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001604 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057784104.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.60000 | XP_057784104.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057784104.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057784104.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057784104.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:19007955 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 35 | A15,A21,A22,A24,B101,B106,B109,B117,B120,B123,B124,B135,B17,B35,B50,B51,B58,B61,B75,B99,C11,C23,C27,C31,C34,C35,C41,C51,C59,C61,C69,C72,C85,C86,D9 |
Chr8:19007987 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C46 |
Chr8:19007992 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B14,B19,B64,C1 |
Chr8:19007997 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B72,B76,C11,C69 |
Chr8:19008000 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A3,B13,B16,C58 |
Chr8:19010191 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B113,C8 |
Chr8:19010430 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B130,C50 |
Chr8:19010473 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A8,B104,B29,B33 |
Chr8:19011049 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr8:19011063 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B81,C18,C44,C46,C53 |
Chr8:19011151 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B78 |
Chr8:19011222 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B26,C77 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784104.1PF00149
Metallophos 58-334 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784104.1 |
Pfam | PF00149 |
Metallophos | Domain | 58 | 334 | 5e-13 | 50.6 | Calcineurin-like phosphoesterase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。