当前解析结果
SmilChr08G002117| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002117 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002117 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G002117 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 19042411 - 19042875 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130998159 |
|---|---|
| GeneID | 130998159 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998159 |
| 原始查询 | SmilChr08G002117 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF31073 (DUF8803) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998159 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057779575.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057779575.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779575.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057779575.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057779575.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:19042518 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | B42,B43,C17,C69,D4 |
Chr8:19042518 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 5 | B42,B43,C17,C69,D4 |
Chr8:19042526 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | A22,C27 |
Chr8:19042526 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | A22,C27 |
Chr8:19042599 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B16,C10,C17 |
Chr8:19042610 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B113,B51,C35 |
Chr8:19042632 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B105,B59,B85 |
Chr8:19042636 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 5 | B101,B28,B37,B54,C23 |
Chr8:19042636 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B101,B28,B37,B54,C23 |
Chr8:19042641 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B85 |
Chr8:19042678 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A11,B45 |
Chr8:19042684 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779575.1PF31073
DUF8803 78-138 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779575.1 |
Pfam | PF31073 |
DUF8803 | Domain | 78 | 138 | 3.5e-09 | 37.1 | Domain of unknown function (DUF8803) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。