Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002126`

染色体: Chr08 坐标: 19133340-19135310 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002126`
名称	SmilChr08G002126
描述	uncharacterized SmilChr08G002126
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	19133340 - 19135310 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001657`
GeneID	`131001657`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001657`
原始查询	`SmilChr08G002126`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0133600; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os11g0133600; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G66010` (AT5G66010) RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836731] identity=60.4; qcov=0.937; evalue=2.33e-59; confidence=high
Rice	`Os11g0133600` - identity=62.9; qcov=1; evalue=5.74e-65; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:1990904 (ribonucleoprotein complex)
KEGG	-
Pfam	PF00076 (RRM_1); PF28441 (RRM_11); PF28442 (DUF8400)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001657

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057784199.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057784199.1`
3	Chromatin	染色质	0.60000	`XP_057784200.1`
4	Nuclear body	核内小体	0.60000	`XP_057784200.1`
5	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057784200.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:19133662`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B56,B96
`Chr8:19133663`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A19,B25,C52,D3
`Chr8:19133926`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C46
`Chr8:19134145`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C21
`Chr8:19134206`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B100,B117,C39,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784199.1

268 aa

134

268

RRM_11

RRM_1

DUF8400

RRM_11

RRM_1

PF28441 RRM_11 63-139 aa PF00076 RRM_1 64-124 aa PF28442 DUF8400 178-244 aa PF28441 RRM_11 181-263 aa PF00076 RRM_1 182-250 aa

XP_057784200.1

159 aa

159

DUF8400

RRM_11

RRM_1

PF28442 DUF8400 69-135 aa PF28441 RRM_11 72-154 aa PF00076 RRM_1 73-141 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784199.1`	Pfam	`PF28441`	RRM_11	Domain	63	139	5.8e-43	145.9	RRM domain
`XP_057784199.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	64	124	2.4e-15	56.9	RNA recognition motif
`XP_057784199.1`	Pfam	`PF28442`	DUF8400	Domain	178	244	3e-11	44.2	Domain of unknown function (DUF8400)
`XP_057784199.1`	Pfam	`PF28441`	RRM_11	Domain	181	263	5.8e-43	145.9	RRM domain
`XP_057784199.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	182	250	2.4e-15	56.9	RNA recognition motif
`XP_057784200.1`	Pfam	`PF28442`	DUF8400	Domain	69	135	6e-10	40.0	Domain of unknown function (DUF8400)
`XP_057784200.1`	Pfam	`PF28441`	RRM_11	Domain	72	154	5.1e-29	101.2	RRM domain
`XP_057784200.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	73	141	2.2e-07	31.3	RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928216.1
CGCTAGAGCCCGCTAATATAGTAATTCCGGCTAGGGTTTCTAATTTCCCCTGTTTCTCTCGTGGAGAAAAAGGCTCTCACTCTGATCTGACGTTTCTACTTCTTCACGACGCCGTATTAGCTTCTGTCTTCGCCGCTGCCATGTACGGCCACAGGGGGGCATTGTTTGGGAGCGGGGGGGTGTCGGACGGGTACGAGATCGGCTCAAAGAGACCAAGAATGATGGAATCGAGTCCCTACTTCGCAGTGAGGAGCAGCAGC...

XM_057928217.1
TAGAGCCCGCTAATATAGTAATTCCGGCTAGGGTTTCTAATTTCCCCTGTTTCTCTCGTGGAGAAAAAGGCTCTCACTCTGATCTGACGTTTCTACTTCTTCACGACGCCGTATTAGCTTCTGTCTTCGCCGCTGCCATGTACGGCCACAGGGGTGAGGAGCAGCAGCAGTTCGATCAGTTACCAAACACAAGGCTACGACAACAGATATCCGCCTTCGTCATCTTTTCCCGTGGTTCGTCTGAGGGGCCTCCCATTCAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131001657
ATGTACGGCCACAGGGGGGCATTGTTTGGGAGCGGGGGGGTGTCGGACGGGTACGAGATCGGCTCAAAGAGACCAAGAATGATGGAATCGAGTCCCTACTTCGCAGTGAGGAGCAGCAGCAGTTCGATCAGTTACCAAACACAAGGCTACGACAACAGATATCCGCCTTCGTCATCTTTTCCCGTGGTTCGTCTGAGGGGCCTCCCATTCAACTGCACTGATGTTGATATTTTCAAGTTCTTTGCCGGACTTGATATCGT...

LOC131001657
ATGCAGGCTGATCTTGCTCTCCGGAGGGACCGGCAGAACATGGGAAGACGATACGTGGAGGTATTTAGGTGCAAGAAGCAGGACTATTACCATGCCATAGCATCCGATGTGAAAGAAGGATTGCATGGTAGCACCGACCACTGTGGTTCCCCGCCACCCGTCCGCCGCAAGAGGTCTCCGGAAAAGGATAGAATGGAGTATACAGAGGTCTTGAAGATGCGAGGCCTCCCTTACTCTGTGAGAAAGTCTGAGATTTTGAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057784199.1
MYGHRGALFGSGGVSDGYEIGSKRPRMMESSPYFAVRSSSSSISYQTQGYDNRYPPSSSFPVVRLRGLPFNCTDVDIFKFFAGLDIVDVFLVNKDGRFSGEAFVLFAGPMQADLALRRDRQNMGRRYVEVFRCKKQDYYHAIASDVKEGLHGSTDHCGSPPPVRRKRSPEKDRMEYTEVLKMRGLPYSVRKSEILKFFEDTTMTVKEEKIHIACRSDGKATGEAYVEFGSAEEARKAMSKDKMMIGSRYVELFPSTPEEL...

XP_057784200.1
MQADLALRRDRQNMGRRYVEVFRCKKQDYYHAIASDVKEGLHGSTDHCGSPPPVRRKRSPEKDRMEYTEVLKMRGLPYSVRKSEILKFFEDTTMTVKEEKIHIACRSDGKATGEAYVEFGSAEEARKAMSKDKMMIGSRYVELFPSTPEELRRAASRSR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器