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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002143

染色体: Chr08 坐标: 19300851-19303568 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002143
名称SmilChr08G002143
描述uncharacterized SmilChr08G002143
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向19300851 - 19303568 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001662
GeneID131001662
locus_tag-
NCBI NameLOC131001662
原始查询SmilChr08G002143

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述mental retardation GTPase activating protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831460]; symbol=AT5G16030; hit=AT5G16030; species=arabidopsis; confidence=medium
产物mental retardation GTPase activating protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831460]; symbol=AT5G16030; hit=AT5G16030; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G16030 (AT5G16030)
mental retardation GTPase activating protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831460]
identity=40.8; qcov=0.827; evalue=1.52e-34; confidence=medium
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001662

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057784207.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057784207.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057784207.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784207.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784207.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:19302248 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,B6,C60
Chr8:19302308 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr8:19302589 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B24,C8,D11
Chr8:19302593 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,B92
Chr8:19303377 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928224.1
AAATCAAATCTTGGATCTTGATTTGAAATGTATGGGTTTTTGGTGAATCATTTGTGAAAATAATGATAAACTGTTTTCAGTGAGGACCCACGAATAGGCTTGCAAACAAACGGCCGTTACGTTCAATCTGATGGAAGATTTTAATTTATTTTTATTTTTGAGTTGCTAATTACTTAATTTGTTAACGATTGAGGTCTTTGTTATTTCTTTGGTTTAAGAGTTAATTATCAAATGAAAGAGCTTTAAAATTATAAAATGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001662
ATGGCTGATTTCAAGCCTCAACTCGGCCACCGTGATACGAACACGAGACGATTTTCCGCATCAAATTGGAAGAGCTTCAGAGAAGATGAAAGGTCGACATTAAGATCAAGTACAACAATTTCTAGCACTGTTTCATCTCCTGGATATACCACTTCAGAGAAAATCGATCCTTCTACATATTCATTCACAGCAGCCCTCAAAGCGTTGCAGACACGAAGCATGTGGTCGTCGGAGAGAGTAATTCTGCACTCGAAATGGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784207.1
MADFKPQLGHRDTNTRRFSASNWKSFREDERSTLRSSTTISSTVSSPGYTTSEKIDPSTYSFTAALKALQTRSMWSSERVILHSKWSDAEKYISNPVSGQVPLECLSARNRITISAPIILHHKLNITIQEKNKSAVTRDVGTQSVPSAPPTPSIQERRSEAESSVDSSLSTQKDGPQLKVERERNEKEGLNRKEGRERKKMVRMMCSQGVGRRGCLQPLKGLWQRRNKCNCKPRKNINPSSSPTLLYHINACYDV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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