Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002148

染色体: Chr08 坐标: 19337621-19342460 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002148
名称SmilChr08G002148
描述membrane protein PM19L-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向19337621 - 19342460 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001689
GeneID131001689
locus_tag-
NCBI NameLOC131001689
原始查询SmilChr08G002148

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述membrane protein PM19L-like
产物membrane protein PM19L-like
ArabidopsisAT1G04560 (AT1G04560)
AWPM-19-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839491]
identity=48.6; qcov=0.96; evalue=2.14e-44; confidence=medium
RiceOs07g0422100 (OsPM19L2)
-
identity=48.6; qcov=0.947; evalue=6.36e-45; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF05512 (AWPM-19)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001689

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057784248.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057784248.1
3 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057784248.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784248.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784248.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:19337751 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr8:19337765 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr8:19341201 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,B86
Chr8:19341799 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784248.1
150 aa
N
1
75
150
AWPM-19
C
PF05512 AWPM-19 16-143 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784248.1 Pfam PF05512 AWPM-19 Family 16 143 1.5e-37 129.6 AWPM-19-like family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928265.1
GGGGGGGGGGGGTGTGTGAATGAAATAAATGCAAATTGCATAGAGACGTATAACAGGCGCATATGAATTAGTTATTGAGAGAGAGAGAGGGATGGCGTATGGAGGAGGTGGAAGAAGGGTGATGGGGCCGCTGCTGGTGGTTAACGCGGTAGTGTGTCTCATACTTGTTGGGTTGGCCGGATGGTCTCTCGACAAATACATCGACGGCAACCAGAGCCATCCTTATTTGGGCGGGAACCCTTCAACAATTTTCCTTCTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001689
ATGGCGTATGGAGGAGGTGGAAGAAGGGTGATGGGGCCGCTGCTGGTGGTTAACGCGGTAGTGTGTCTCATACTTGTTGGGTTGGCCGGATGGTCTCTCGACAAATACATCGACGGCAACCAGAGCCATCCTTATTTGGGCGGGAACCCTTCAACAATTTTCCTTCTAGTATATGCATTAATTGCAGGAGTGATGGGCGCATGCTCAGTGATTTTGGGTTACGCTCATCTTCGAATATGGAGCAGTCTCACTCTCGCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784248.1
MAYGGGGRRVMGPLLVVNAVVCLILVGLAGWSLDKYIDGNQSHPYLGGNPSTIFLLVYALIAGVMGACSVILGYAHLRIWSSLTLATATTSAIFSWALNALAFGLVCKQIIMGGHRGKRLQTLEAFITISGVTQLLYLLLLHAETFTSRF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器