当前解析结果
SmilChr08G002148| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002148 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002148 |
| 描述 | membrane protein PM19L-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 19337621 - 19342460 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001689 |
|---|---|
| GeneID | 131001689 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001689 |
| 原始查询 | SmilChr08G002148 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | membrane protein PM19L-like |
| 产物 | membrane protein PM19L-like |
| Arabidopsis | AT1G04560 (AT1G04560)AWPM-19-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839491] identity=48.6; qcov=0.96; evalue=2.14e-44; confidence=medium |
| Rice | Os07g0422100 (OsPM19L2)- identity=48.6; qcov=0.947; evalue=6.36e-45; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05512 (AWPM-19) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001689 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057784248.1 |
| 2 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.60000 | XP_057784248.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057784248.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057784248.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057784248.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:19337751 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A18 |
Chr8:19337765 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C46 |
Chr8:19341201 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B78,B86 |
Chr8:19341799 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B140,B26 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784248.1PF05512
AWPM-19 16-143 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784248.1 |
Pfam | PF05512 |
AWPM-19 | Family | 16 | 143 | 1.5e-37 | 129.6 | AWPM-19-like family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。