当前解析结果
SmilChr08G002173| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002173 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002173 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G002173 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 19649183 - 19652360 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001671 |
|---|---|
| GeneID | 131001671 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001671 |
| 原始查询 | SmilChr08G002173 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | peptidase M50B-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843026]; symbol=AT1G67060; hit=AT1G67060; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | peptidase M50B-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843026]; symbol=AT1G67060; hit=AT1G67060; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT1G67060 (AT1G67060)peptidase M50B-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843026] identity=83.6; qcov=0.996; evalue=1.27e-141; confidence=high |
| Rice | Os02g0221600- identity=79.2; qcov=0.991; evalue=5.22e-134; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13398 (Peptidase_M50B) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001671 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057784220.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.80000 | XP_057784220.1 |
| 3 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.40000 | XP_057784220.1 |
| 4 | Lysosome | 溶酶体 | 0.40000 | XP_057784220.1 |
| 5 | Vesicle | 囊泡 | 0.40000 | XP_057784220.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:19651366 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B105,B22,C16,C42 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784220.1PF13398
Peptidase_M50B 26-222 aa
XP_057784221.1PF13398
Peptidase_M50B 26-222 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784220.1 |
Pfam | PF13398 |
Peptidase_M50B | Family | 26 | 222 | 3.9e-55 | 187.4 | Peptidase M50B-like |
XP_057784221.1 |
Pfam | PF13398 |
Peptidase_M50B | Family | 26 | 222 | 3.9e-55 | 187.4 | Peptidase M50B-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。