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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002177

染色体: Chr08 坐标: 19683681-19685512 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002177
名称SmilChr08G002177
描述glycosyltransferase BC10
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向19683681 - 19685512 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001632
GeneID131001632
locus_tag-
NCBI NameLOC131001632
原始查询SmilChr08G002177

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycosyltransferase BC10
产物glycosyltransferase BC10
ArabidopsisAT5G16170 (AT5G16170)
Core-2/I-branching beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831475]
identity=50.9; qcov=1.06; evalue=2.8e-133; confidence=high
RiceOs03g0731050
-
identity=56.8; qcov=0.834; evalue=1.87e-117; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF02485 (Branch)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001632

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057784159.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057784159.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784159.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784159.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784159.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:19683828 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr8:19683880 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B3,B45,B59
Chr8:19683888 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C11,C21,C69
Chr8:19683894 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr8:19683923 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:19684179 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B8
Chr8:19684831 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr8:19684872 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B42,B43,C23,C85
Chr8:19684873 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B2,B55,C23
Chr8:19684926 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr8:19685076 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr8:19685095 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784159.1
355 aa
N
1
178
355
Branch
C
PF02485 Branch 86-312 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784159.1 Pfam PF02485 Branch Family 86 312 5.5e-82 275.8 Core-2/I-Branching enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928176.1
TTTCATTTTCGTGGGCATGAACCTTAATTTCCGAATATTATGTCCGAAGCAAGCACGAAAATGAAATCGTAGTTTTGAAGTGTTAAGAAAATAAATGGAGGGTCCGGCATGAAGGTAGAGCAACCAAATCATGATGCTCAAACGCCACTCCCTCGCCGACCGCCTCTTCCAACTCTTTCTCTTCGCCGTCGGAGTTTCCGTGGGCGCCGTATCCATTCTATGTCTCCGAAGCTTCTCCTTCGCCATTCCCTCCATCCCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001632
ATGATGCTCAAACGCCACTCCCTCGCCGACCGCCTCTTCCAACTCTTTCTCTTCGCCGTCGGAGTTTCCGTGGGCGCCGTATCCATTCTATGTCTCCGAAGCTTCTCCTTCGCCATTCCCTCCATCCCCTTCTCCACATTAAAATCATCCAGCCCAGTACTTCTGGAAACGCGGGATGTTTCGTTGAAGTTGATGATGCACAACATGAGCGATGCTGAGTTGCTGGCGCGAGTTGGCAATACTACGTCGTATAAGGTGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784159.1
MMLKRHSLADRLFQLFLFAVGVSVGAVSILCLRSFSFAIPSIPFSTLKSSSPVLLETRDVSLKLMMHNMSDAELLARVGNTTSYKVAFMFLTPGPLPLAPVWDRFFKGHQGLYSVYVHPHPSYNHSAPPHSAFYGRTIPTQAVYWGTITMIDAERRLLANALLDSSNQRFVLLSDSCIPVFNFTTIYNYLMGTNKSFIGSFDDPRKMGRGRYNHHMWPNITIEQWRKGSQWFEVHRDLAVKIVSDQKYYSLFREFCHPPC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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