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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002185

染色体: Chr08 坐标: 19731133-19732352 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002185
名称SmilChr08G002185
描述LEAF RUST 10 DISEASE-RESISTANCE LOCUS RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE-like 2.7
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向19731133 - 19732352 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001659
GeneID131001659
locus_tag-
NCBI NameLOC131001659
原始查询SmilChr08G002185

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述LEAF RUST 10 DISEASE-RESISTANCE LOCUS RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE-like 2.7
产物LEAF RUST 10 DISEASE-RESISTANCE LOCUS RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE-like 2.7
ArabidopsisAT1G67025 (AT1G67025)
wall-associated receptor kinase carboxy-terminal protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843021]
identity=29.5; qcov=0.775; evalue=2.39e-23; confidence=low
RiceOs05g0550800
-
identity=26.6; qcov=0.903; evalue=7.29e-14; confidence=low
GOGO:0030247 (polysaccharide binding)
KEGG-
PfamPF13947 (GUB_WAK_bind); PF14380 (WAK_assoc)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001659

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057784204.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057784204.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784204.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784204.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784204.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:19731553 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,C41,C48
Chr8:19731584 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr8:19731620 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr8:19731839 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B44,B6,C37,C39
Chr8:19731885 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,B55,C23
Chr8:19731896 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:19731930 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C11,C21,C69
Chr8:19732019 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,B70,C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784204.1
267 aa
N
1
134
267
GUB_WAK_bind
WAK_assoc
C
PF13947 GUB_WAK_bind 27-91 aa PF14380 WAK_assoc 172-241 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784204.1 Pfam PF13947 GUB_WAK_bind Domain 27 91 1.1e-13 52.1 Wall-associated receptor kinase galacturonan-binding
XP_057784204.1 Pfam PF14380 WAK_assoc Domain 172 241 1.5e-14 55.2 Wall-associated receptor kinase C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928221.1
AACTTATTAAAATAGCGTTTGAATTACCTTAATGAGAGATGAAATTTAAATTTGTTTCCTCAAACATATTGCGTTCATAATCACGGCCACTGCAGTAAAAACAAGAATAGCGGTCAATCGGCCTTCTTCCTTTTCAAAAACAAACCTAAAATGCCATCTCACCTCTTCACTCCATCCTTCCCTTTCGCCACCGATGCCGCTGACTCTCTTCTCTCTCCTCATCACGCTCGCCGCCGCGGCCTACTCCCAAACCACCCCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001659
ATGCCGCTGACTCTCTTCTCTCTCCTCATCACGCTCGCCGCCGCGGCCTACTCCCAAACCACCCCCTCCTTCCCCAACTGCGACCGCACCTTCTCATGCGGCGCTCTTGTCAACATCTCCTACCCCTTCATCGGCGGCGCCCGCCCCTCCCACTGCGGCCGCCCCGACTTCGCCCTCACCTGCCGGAGCAACAATGTCACCGAGTTGACTCACAACTCGTTCACCTACCGAGTGTTGCTACTTGATCAGGCTCAGAAGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784204.1
MPLTLFSLLITLAAAAYSQTTPSFPNCDRTFSCGALVNISYPFIGGARPSHCGRPDFALTCRSNNVTELTHNSFTYRVLLLDQAQKRLVLSRSDLYDSTCPSQFRNSTLNSTLLYSDAPRNEELTLFYGCNATAMTIRPHNLFNCSSGRFNFSDAYYLVGPVPRDPILRIIYCSMSISLLVLKEVGDELADSRLSLGEALMQGFSVNYSVPEERTCSECYRLSGQCGYDSVTSQLVCVCGDRPCTFALTLPPEGSQSAQG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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