Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002191

染色体: Chr08 坐标: 19787523-19788227 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002191
名称SmilChr08G002191
描述glycine-rich cell wall structural protein-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向19787523 - 19788227 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998169
GeneID130998169
locus_tag-
NCBI NameLOC130998169
原始查询SmilChr08G002191

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycine-rich cell wall structural protein-like
产物glycine-rich cell wall structural protein-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998169

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057779584.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057779584.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057779584.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779584.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779584.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:19787536 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,B135
Chr8:19787577 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 11 A23,B25,B29,B37,B54,B6,B75,C38,C75,C87,D10
Chr8:19787578 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 44 A2,B1,B11,B113,B126,B136,B138,B15,B16,B33,B35,B36,B41,B49,B51,B57,B59,B61,B73,B79,B83,B86,B94,B99,C10,C12,C14,C19,C21,C22,C25,C26,C27,C44,C45,C50,C54,C63,C64,C67,C70,C74,C85,D1
Chr8:19787593 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B136,B139
Chr8:19787616 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 68 A13,A2,A23,A8,B10,B101,B108,B113,B115,B117,B122,B123,B132,B137,B138,B139,B140,B15,B16,B2,B26,B28,B3,B30,B31,B33,B41,B49,B53,B55,B57,B61,B69,B70,B71,B74,B83,B87,B88,B91,B93,B94,B98,C10,C11,C13,C16,C21,C22,C25,C27,C32,C40,C42,C47,C50,C55,C60,C62,C63,C66,C69,C73,C75,C8,C80,C82,D11
Chr8:19787618 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 11 A8,B115,B132,B138,B30,B61,B71,C22,C76,C84,D1
Chr8:19787632 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,B54,C57
Chr8:19787635 ACG A 2bp_deletion frameshift_variant 7 B122,B130,B45,B7,B76,C80,D3
Chr8:19787642 GCT * 2bp_deletion CDS_variant 3 B29,B45,B93
Chr8:19787647 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr8:19787674 CCG * 2bp_deletion CDS_variant 3 B82,B93,D8
Chr8:19787679 TC * 1bp_deletion CDS_variant 3 A10,B93,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923601.1
ATGGCGGTGTGGAGCGAAGAAGCCGGGCTGGGCTGCCGTGTGGCGTTGGCAGAGCGCAACCGGGCTGGCTGGTCAGCGCTGGCATGGTTCGGCACTGAATATGGAGAGCGAGAGCGCTGGGCGGTTGGCGGGTGGCTGGCGGGGTGGCAGCGCTGTCGGGTAGCTGGCGTGGTTGGGCGGGGTGGCTGGCGGGGTGTGGCTGGCGGGGTGGCAGCGCTGGCGGGTGGCAGCGCTGCCGGGTGGCTGGGCGGGGTGGCTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998169
ATGGCGGTGTGGAGCGAAGAAGCCGGGCTGGGCTGCCGTGTGGCGTTGGCAGAGCGCAACCGGGCTGGCTGGTCAGCGCTGGCATGGTTCGGCACTGAATATGGAGAGCGAGAGCGCTGGGCGGTTGGCGGGTGGCTGGCGGGGTGGCAGCGCTGTCGGGTAGCTGGCGTGGTTGGGCGGGGTGGCTGGCGGGGTGTGGCTGGCGGGGTGGCAGCGCTGGCGGGTGGCAGCGCTGCCGGGTGGCTGGGCGGGGTGGCTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779584.1
MAVWSEEAGLGCRVALAERNRAGWSALAWFGTEYGERERWAVGGWLAGWQRCRVAGVVGRGGWRGVAGGVAALAGGSAAGWLGGVAGGVAALAGGSAAGWLGGVAGGVWLAGWQRWRVAALPGGWAGWLAGWQRWRVAALPGGWAVWLGGVAALAGGSAAGWAGRFGVCGVDGCVAERGVAAGSSGGSAGGWQRCRGRAAVGGWLFLKSLFSSQIW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器