当前解析结果
SmilChr08G002191| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002191 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002191 |
| 描述 | glycine-rich cell wall structural protein-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 19787523 - 19788227 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130998169 |
|---|---|
| GeneID | 130998169 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998169 |
| 原始查询 | SmilChr08G002191 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glycine-rich cell wall structural protein-like |
| 产物 | glycine-rich cell wall structural protein-like |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998169 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.60000 | XP_057779584.1 |
| 2 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057779584.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057779584.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057779584.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779584.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:19787536 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A10,B135 |
Chr8:19787577 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 11 | A23,B25,B29,B37,B54,B6,B75,C38,C75,C87,D10 |
Chr8:19787578 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 44 | A2,B1,B11,B113,B126,B136,B138,B15,B16,B33,B35,B36,B41,B49,B51,B57,B59,B61,B73,B79,B83,B86,B94,B99,C10,C12,C14,C19,C21,C22,C25,C26,C27,C44,C45,C50,C54,C63,C64,C67,C70,C74,C85,D1 |
Chr8:19787593 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A16,B136,B139 |
Chr8:19787616 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 68 | A13,A2,A23,A8,B10,B101,B108,B113,B115,B117,B122,B123,B132,B137,B138,B139,B140,B15,B16,B2,B26,B28,B3,B30,B31,B33,B41,B49,B53,B55,B57,B61,B69,B70,B71,B74,B83,B87,B88,B91,B93,B94,B98,C10,C11,C13,C16,C21,C22,C25,C27,C32,C40,C42,C47,C50,C55,C60,C62,C63,C66,C69,C73,C75,C8,C80,C82,D11 |
Chr8:19787618 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 11 | A8,B115,B132,B138,B30,B61,B71,C22,C76,C84,D1 |
Chr8:19787632 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B2,B54,C57 |
Chr8:19787635 |
ACG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 7 | B122,B130,B45,B7,B76,C80,D3 |
Chr8:19787642 |
GCT |
* |
2bp_deletion | CDS_variant | 3 | B29,B45,B93 |
Chr8:19787647 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B7 |
Chr8:19787674 |
CCG |
* |
2bp_deletion | CDS_variant | 3 | B82,B93,D8 |
Chr8:19787679 |
TC |
* |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | A10,B93,D8 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。