Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002192`

染色体: Chr08 坐标: 19801072-19801476 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002192`
名称	SmilChr08G002192
描述	uncharacterized SmilChr08G002192
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	19801072 - 19801476 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998170`
GeneID	`130998170`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998170`
原始查询	`SmilChr08G002192`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glycine-rich protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826625]; symbol=AT4G10330; hit=AT4G10330; species=arabidopsis; confidence=low
产物	glycine-rich protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826625]; symbol=AT4G10330; hit=AT4G10330; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT4G10330` (AT4G10330) glycine-rich protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826625] identity=36.9; qcov=0.627; evalue=3.47e-06; confidence=low
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998170

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	0.80000	`XP_057779585.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.80000	`XP_057779585.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779585.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779585.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779585.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:19801214`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	B114,B57,C15,C2
`Chr8:19801214`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	4	B114,B57,C15,C2
`Chr8:19801416`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,C82
`Chr8:19801475`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	B114,B57,B74,C15,C2
`Chr8:19801475`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	5	B114,B57,B74,C15,C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923602.1
ATGAAGGGGAATCTGATTTTCGCCAACGGTTTACAGAAGGCTGATTCGAATTCAAATCCTCTGTGGAAGTGGAAAGGAATCGATTTGGCGACGAGAAAGCCCGAAAACAAGCTGTATTCGGTGCCGGAATTCTTCCACGAGAAGATAGATGACGCTGTCCTCGGCCCCGGAGTCGGCGCCGGAATTGGCTGCGGCGCGGGGTTGGGGTTGGGGGTGGTCGGCGGCGCCGGCTTATTCAGCTCGCCGTGGAATAATCTTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998170
ATGAAGGGGAATCTGATTTTCGCCAACGGTTTACAGAAGGCTGATTCGAATTCAAATCCTCTGTGGAAGTGGAAAGGAATCGATTTGGCGACGAGAAAGCCCGAAAACAAGCTGTATTCGGTGCCGGAATTCTTCCACGAGAAGATAGATGACGCTGTCCTCGGCCCCGGAGTCGGCGCCGGAATTGGCTGCGGCGCGGGGTTGGGGTTGGGGGTGGTCGGCGGCGCCGGCTTATTCAGCTCGCCGTGGAATAATCTTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779585.1
MKGNLIFANGLQKADSNSNPLWKWKGIDLATRKPENKLYSVPEFFHEKIDDAVLGPGVGAGIGCGAGLGLGVVGGAGLFSSPWNNLRVAFGVGIGCGVGVGVGYGQGYGGGFSLESLRSYWLKPRSKSKGRVRV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器