Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002198

染色体: Chr08 坐标: 19909508-19911842 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002198
名称SmilChr08G002198
描述protein DETOXIFICATION 14-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向19909508 - 19911842 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001732
GeneID131001732
locus_tag-
NCBI NameLOC131001732
原始查询SmilChr08G002198

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein DETOXIFICATION 14-like
产物protein DETOXIFICATION 14-like
ArabidopsisAT1G71140 (AT1G71140)
MATE efflux family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843454]
identity=54.5; qcov=0.929; evalue=8.62e-175; confidence=high
RiceOs01g0684900
-
identity=54.9; qcov=0.968; evalue=1.91e-176; confidence=high
GOGO:0015297 (antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0042910 (xenobiotic transmembrane transporter activity); GO:1990961 (xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane)
KEGG-
PfamPF01554 (MatE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001732

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057784276.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057784276.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057784276.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784276.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784276.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:19910209 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B94
Chr8:19910259 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 C8
Chr8:19910259 T TA 1bp_insertion CDS_variant 1 C8
Chr8:19910472 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 3 A9,B21,C19
Chr8:19910472 G GA 1bp_insertion CDS_variant 3 A9,B21,C19
Chr8:19910709 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr8:19910984 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr8:19911277 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr8:19911474 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr8:19911523 G GGA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B39
Chr8:19911523 G GGA 2bp_insertion CDS_variant 1 B39
Chr8:19911589 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,C12,C40,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784276.1
476 aa
N
1
238
476
MatE
MatE
C
PF01554 MatE 28-187 aa PF01554 MatE 249-411 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784276.1 Pfam PF01554 MatE Family 28 187 9.8e-56 188.6 MatE
XP_057784276.1 Pfam PF01554 MatE Family 249 411 9.8e-56 188.6 MatE

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928293.1
TTTTTGCATGCATGAGTTAAACGACAAGAGATTAGGTAGAAAGAAAAGGACAAATATTAACTGCGCATTGATGTGGTGTCTCCCTTGCCAAAATGAATTTGAACACTAGAACCTCTGGTTCATAAATATATCGAATCAAAAAGCAGCTGCCAATGGAGGTACCTCTACTGACGGGGACCCAACGGTGGCGTACGGCCGCCGGAGATCTGAACCGTGTGAATCTGATTGCGCTGCCGATGATCGTGGTGACGCTGTCGCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001732
ATGGAGGTACCTCTACTGACGGGGACCCAACGGTGGCGTACGGCCGCCGGAGATCTGAACCGTGTGAATCTGATTGCGCTGCCGATGATCGTGGTGACGCTGTCGCAGTACCTTCTGCGTACGTCTCCGATCTTCATGTTAGGTCATTTAGGCGAACTCTCTCTCTCCAGTGCTTCCATAGCCACCTCTCTCTCCAACGTCACCGGATTCAGCTTACTCTTCGGGATGGCTAGTGCTTTGGAGACTCTGTGCGGGCAGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784276.1
MEVPLLTGTQRWRTAAGDLNRVNLIALPMIVVTLSQYLLRTSPIFMLGHLGELSLSSASIATSLSNVTGFSLLFGMASALETLCGQAYGAKQYERVGAFTYGAIFCLFIVCLPVCVLWIYTEELLILMGQDPLISAEAGKYTIYLIPTLFPYAILQSLVRYLQTQSLIFPMLWTALLSLCFQLLLCWSFVFKFNLGNGGAALSIAISYWFNVALLVLYVKFSPTCEKTRASFSKDIFLTVREFFRFAVPSAVMVCLEWWS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器